¿Puede la secuenciación del ADN de los alimentos proporcionar cuantitativamente la fracción de proteína del pollo frente a la soja?

En referencia a la actualización de la pregunta tres años después, incluiré citas adicionales del mismo artículo del New York Times.

“No había ADN de atún amplificable en la muestra, por lo que no obtuvimos productos de amplificación del ADN”, decía el correo electrónico. “Por lo tanto, no podemos identificar la especie”.

El portavoz del laboratorio ofreció un poco de análisis. "Hay dos conclusiones", dijo. “Uno, está tan fuertemente procesado que sea lo que sea lo que pudimos sacar, no pudimos identificarlo. O tenemos algo y simplemente no hay nada allí que sea atún”. (Subway se negó a comentar sobre los resultados de laboratorio).

Con todas las pruebas, hay importantes advertencias a considerar. Una vez que se ha cocinado el atún, su ADN se desnaturaliza, lo que significa que las propiedades características del pescado probablemente se hayan destruido, lo que dificulta, si no imposibilita, la identificación.

Si bien esta pregunta se encuentra un poco entre la biología, la química y la ciencia de los alimentos, el uso del análisis cuantitativo de ADN como proxy para la estimación de las fracciones relativas de proteínas de dos especies diferentes (en este caso, una planta frente a un mamífero) probablemente sea un tema aquí considerando que es biólogos que han inventado, usado e interpretado resultados de amplificación de ADN y análisis de secuenciación, y que pueden hablar mejor sobre su uso correcto y posibles problemas cuando se usan fuera de sus protocolos aceptados.

Yo mismo no soy un biólogo capacitado, por lo que no puedo afirmar con autoridad que comenzar con un producto alimenticio cuyos componentes vegetales y animales pueden haber comenzado en diferentes lugares de la Tierra, haber sido procesados ​​de manera diferente, luego combinados y procesados ​​aún más que implican grandes excursiones en el calor ( cocción) y en el pH se desvían sustancialmente de los protocolos aceptados para el análisis cuantitativo de ADN, pero tengo el fuerte presentimiento de que probablemente sea así.

Como @BryanKrause ha señalado en un comentario, la experiencia principal del laboratorio en cuestión es la identificación de animales: ¿un cadáver o un trozo de carne o pescado provienen de la especie reclamada o no, y este es un servicio loable? Pero usar fracciones relativas de ADN dentro de una sola muestra de comida preparada como sustituto de la contribución relativa de proteína está muy lejos de ese tipo de servicio y, que yo sepa, no es una práctica aceptada en ninguna parte.

Ars Technica es una fuente popular de noticias técnicas que generalmente hace un excelente trabajo al resumir temas científicos cuando los cubren, al menos en mi opinión. En una actualización del artículo, Subway publica datos después de que los científicos opinan sobre la prueba de pollo al 50 % [Actualizado] y resumen la información publicada por dos laboratorios independientes que usan una " metodología ELISA diseñada para productos alimenticios para cuantificar la soya en el pollo ". ELISA es una prueba cuantitativa método que se puede usar para medir la presencia de varias proteínas directamente y no usa el ADN como un proxy.

Actualización, 6 de marzo: Subway ha publicado los informes de laboratorio de sus dos pruebas independientes. Tanto Maxxam Analytics en Ontario, Canadá como Elisa Technologies, Inc. en Florida utilizaron ensayos inmunoabsorbentes ligados a enzimas (ELISA) diseñados para productos alimenticios para cuantificar la soya en el pollo. Los ELISA son un tipo de ensayo estándar que generalmente detectan y cuantifican sustancias en función de la unión de un anticuerpo. En el ensayo, la unión del anticuerpo inicia una reacción química detectable, lo que comúnmente resulta en un cambio de color. En el caso de Elisa Technologies, el laboratorio usó un anticuerpo que se une a las proteínas de la harina de soya y el laboratorio usó concentraciones conocidas de esas proteínas de soya como comparación para determinar la cantidad de proteína de soya en las muestras de pollo de Subway.

En todas las muestras, Elisa detectó 3 partes por millón o menos de proteínas de soya, muy por debajo del uno por ciento del pollo. Maxxam detectó 5,3 ppm de proteína de soya en el pollo, que todavía está muy por debajo del uno por ciento . (énfasis añadido)

Ahora leo el artículo. No incluyen/muestran una curva estándar, así que tómelo con pinzas.

Es posible realizar un análisis de isótopos de carbono para distinguir el carbono vegetal del animal a partir de una fracción de proteína aislada.

Además de eso, también podría hacer espectrometría de masas cuantitativa y buscar péptidos animales versus vegetales.

Si desea tanto el número de células como la abundancia de proteínas de objetivos conocidos, existe la sofisticada citometría de masas que podría hacer esto.

Dicho esto, en mi humilde opinión: la secuenciación de ADN es probablemente buena y definitivamente robusta. Si configura una curva estándar (mezcle soya y pollo en proporciones conocidas y secuencia el ADN), entonces esa es probablemente la forma más fácil/barata de hacerlo. Sin una curva estándar que pruebe esto, no se puede sacar una conclusión definitiva.

También del artículo de NPR; el análisis de otras fuentes de carne de comida rápida arrojó proporciones más bajas de ADN de soya, siendo Subway un valor atípico. Esa es una distinción importante que hacer. Posteriormente, Subway afirma que es 100% pollo y parece más engañoso después de haber dicho anteriormente que había soya como estabilizador.