Estoy comparando los niveles de expresión de miARN en 3 grupos diferentes, pero tengo poco dinero y tiempo. Tengo que obtener algunos resultados preliminares para poner en marcha la investigación real, así que decidí agrupar mis muestras y obtener los resultados de 372 miARN y luego, si alguno de ellos muestra una expresión diferencial prominente, investigaré los niveles de expresión de esos miARN candidatos en mayor cantidad. grupos Pero no puedo decidir cómo agrupar mis muestras para agruparlas. ¿Debo elegir 3 muestras individuales para cada uno de los 3 grupos (9 muestras en total) o debo extraer el ARN total de cada muestra para cada grupo, hacer 3 grupos de ARN y luego simplemente realizar triplicados para cada grupo? El tiempo y el dinero gastado en ambas situaciones será el mismo. Creo que el segundo método es más apropiado, pero me temo que podría producir algunos valores de p desinflados, lo que daría como resultado un descubrimiento falso.
¿Debo elegir 3 muestras individuales para cada uno de los 3 grupos (9 muestras en total) o debo extraer el ARN total de cada muestra para cada grupo, hacer 3 grupos de ARN y luego simplemente realizar triplicados para cada grupo?
Depende de la naturaleza de sus muestras. En general, la puesta en común promediaría la expresión de diferentes individuos. La agrupación generalmente se realiza cuando tiene un bajo rendimiento de ARN por muestra individual. Si ese no es el caso, debe tomar muestras de varios individuos por grupo (tres deberían estar bien; más es mejor). Esto le permitirá conocer la variación entre individuos/muestras dentro de un grupo. A su vez, puede configurar tres réplicas técnicas para qPCR para medir la variación técnica. Entonces, en total, tendría 27 reacciones de PCR. Esto no sería muy costoso (a menos que esté utilizando un ensayo similar a TaqMan ). Incluso entonces, a veces trabajar con más muestras le permite ahorrar la cantidad de reactivo utilizado por muestra.