¿Dónde colocar el gen después del promotor eucariótico para obtener los mejores niveles de expresión?

Hasta donde yo sé, existe una distancia óptima entre un promotor y el gen para los mejores niveles de expresión. ¿Cuál es esa distancia para promotores comunes como CMV, SV40? Si tiene una experiencia de primera mano sobre esto (por ejemplo, si ha clonado el gen aguas abajo del promotor y no vio/vio la expresión) y la comparte, se lo agradeceré.

Si tiene un conocimiento completo de otros promotores, no dude en agregarlos también a la lista; no necesitan ser comunes. Solo quiero escuchar la experiencia de la gente sobre el tema.

un enlazador de 10 pb es suficiente. De todas sus otras publicaciones, deduzco que está tratando de construir un sistema sintético. Mi estrategia personal para cosas como estas es recoger secuencias de los vectores en su laboratorio que sabe que funcionan bastante bien.
Eucariota es bastante general: diferentes eucariotas tienen sistemas reguladores muy diferentes. ¿Estás hablando de algo como humano o algo como levadura?
Eche un vistazo a las secuencias de algunos vectores comunes/populares para su organismo objetivo. Como señaló WYSIWYG, no es necesario que sea muy grande y puede variar un poco según el lugar del sitio de clonación múltiple en el que inserte el gen de interés.
Gracias a todos por sus comentarios. Busqué otras construcciones comunes y decidí dejar alrededor de 40 pb entre el promotor y el codón de iniciación (esta era la distancia mínima que podía dejar debido a la limitación del sitio de restricción). @Bitwise, estoy usando células de mamíferos (específicamente, fibroblastos y células MDCK).

Respuestas (1)

Usé pEYFP-N1 (vector stock) donde el espacio entre el promotor CMV y el codón de inicio EYFP es ~88 nt, y la expresión es alta.

También cloné una proteína 5' del EYFP, solo 4 nt después del promotor CMV. La expresión de esta fusión también fue alta. Debido a que solo estaba usando la proteína quimérica en experimentos, no intenté evaluar las diferencias en la expresión de EYFP.

Si mira aquí: https://synbiota.com/projects/19/sequences verá el vector pEYFP-N1 básico y la separación entre el promotor CMV y la secuencia de codificación EYFP.

En wiki: "El elemento TATA y BRE generalmente se encuentran cerca del sitio de inicio de la transcripción (generalmente dentro de 30 a 40 pares de bases)".

¿Dónde colocar el gen después del promotor eucariótico para obtener los mejores niveles de expresión?
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