¿Se puede extraer ARN de tejido suspendido en formalina?

El formaldehído forma aductos con el ARN y también puede hacerlo más susceptible a la degradación. También puede causar la formación de enlaces cruzados entre el ARN y las proteínas (o posiblemente otros ARN). Por todas estas razones, la extracción de ARN de alta calidad a partir de muestras fijadas con formaldehído es muy difícil y los rendimientos son bajos ( Howat y Wilson, 2014 ).

Echa un vistazo a este artículo de Evers et al. (2011) que explora las condiciones óptimas para la eliminación de los aductos de formaldehído. Sin embargo, este estudio no implica la extracción real de ARN de tejidos fijados, lo que sería aún más difícil.

El kit RNeasy FFPE de Qiagen afirma estar especialmente diseñado para la extracción de ARN de muestras fijadas con formaldehído. La descripción del producto dice que el tampón de lisis contiene sustancias que revierten las modificaciones formadas por el formaldehído. Hay un kit similar de Thermo-Fisher . Russell et al. (2013) , informan que el rendimiento de ARN fue similar entre muestras fijas (usando el kit Qiagen RNeasy FFPE) y no fijadas (usando el kit de extracción de ARN total Qiagen RNeasy Plus mini).

¿Debo homogeneizar el tejido antes de retirar la formalina o después?

Homogeneizar después de eliminar la formalina. Dado que los tejidos ya son quebradizos debido a la fijación de formaldehído, no es necesario utilizar procedimientos de homogeneización rigurosos. Pipetear suavemente. Puede usar proteinasa-K y ADNasa para eliminar proteínas y ADN respectivamente (el kit RNeasy incluye estos pasos).

Para futuros experimentos, puede almacenar los tejidos en una solución posterior de ARN ( Thermo-Fisher ; o formulaciones similares de otros proveedores/laboratorios). Almacene una parte del tejido en formaldehído para IHC/ISH y la otra en ARN más adelante para la extracción de ARN/ADN.