¿Qué tan correlacionados están los sitios CpG relacionados próximamente en el ADN humano?

Es probable que los residuos de citosina en el ADN que se pueden metilar (es decir, los sitios CpG) estén en el mismo estado de metilación si están geográficamente (proximalmente) juntos.

Solo puedo encontrar un documento que establezca esto empíricamente (1), que el 90% de los sitios CpG dentro de los 50 pb entre sí están en el mismo estado de metilación; consulte el gráfico a continuación.

Relación entre el estado de metilación y la proximidad geográfica

Sin embargo, este estudio está bastante anticuado ahora (al menos en los campos de la epigenética) y es muy general.

Me gustaría saber si los CpG en diferentes regiones del genoma tienen más o menos probabilidades de estar correlacionados que en otras regiones (por ejemplo, exones frente a regiones promotoras). También sería interesante saber si las correlaciones cambian con la edad y si esto está relacionado con algún proceso de enfermedad.

Gracias por el aporte.

  1. Eckhardt, et al, 2006. Nature Genetics. doi: 2010.1038/ng1909

Respuestas (1)

Tengo que salir corriendo, así que no podré dar una respuesta completa hoy, pero esto básicamente se reduce al concepto de islas CpG. Algo así como el 70-80% de los CpG están metilados en humanos, por lo que si estuvieran dispersos aleatoriamente alrededor del genoma, ya existe una probabilidad bastante alta de que los CpG cercanos estén en el mismo estado. Sin embargo, debido a las islas CpG, los CpG de estado similar se agrupan, según la actividad del promotor (para simplificar un poco las cosas).

Dicho esto, si busca artículos que citen su artículo, aparecerá una plétora de referencias útiles. En particular, este chico malo tiene una práctica figura 1 que muestra el paisaje general. Tal vez sea una visión demasiado amplia, pero en general, los patrones de metilación se agrupan; de lo contrario, ¡no existiría un patrón de metilación! Este documento tiene una figura ordenada que lo resume todo muy bien:

ingrese la descripción de la imagen aquí

Básicamente, suele ser de metilación alta o baja; rara vez hay algo en el medio. Hay mucho más allí, así que recomendaría revisar algunos de ellos; Intentaré volver a esto más tarde.

¿Qué tan correlacionados están los sitios CpG relacionados próximamente en el ADN humano?
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