El contenido de CpG varía mucho a lo largo del genoma humano. ¿Qué determina que un promotor sea silenciado mediante la metilación del ADN: la fracción de sitios CpG que están metilados o el número total de sitios CpG metilados? ¿Alguna referencia?
Generalmente, el silenciamiento robusto por metilación del ADN requiere que todos o la mayoría de los sitios CG estén metilados y que haya un buen número de sitios CG para metilar. (Un 'buen número' es relativo a cada especie dependiendo del contenido de CG del genoma respectivo).
Un promotor con ~10 % de sus sitios CG metilados probablemente no sería silenciado. Sin embargo, la advertencia con esto es que un CG metilado bien ubicado puede causar silenciamiento o al menos una disminución de la eficiencia del promotor. Además, muchos promotores están agotados para CG, lo que significa que pueden metilarse completamente, pero aún no tienen mucha metilación absoluta. Estos promotores pueden estar activos a pesar de la aparente "hipermetilación" en el contexto de GC. Además, una advertencia a esto es que los promotores con metilación cero se pueden silenciar, incluso si tienen sitios CG. Básicamente, si la metilación de CG es importante en la regulación de un gen, tendrá sitios de CG en partes funcionalmente importantes del promotor. El promotor estará bien metilado cuando se silencie el gen, pero debido a que la colocación de la metilación CG de novo no es absolutamente perfecta, existe una alta probabilidad de que haya más metilación de la necesaria para lograr el silenciamiento. Una especie de fenotipo exagerado.
Este artículo del laboratorio de Schubeler es una buena incursión en los promotores de mamíferos, que dividen en 3 grupos diferentes según el contenido de CpG, y luego analizan más a fondo cada grupo en busca de perfiles de metilación de CG.
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