¿Qué es la cobertura de CpG? ADN material de partida?

refiriéndose a esta cita de un artículo sobre la predicción de estados de metilación:

"Debido a las pequeñas cantidades de material de partida de ADN genómico por célula, los análisis de metilación de una sola célula están intrínsecamente limitados por una cobertura moderada de CpG".

me lo puedes explicar por favor

¿Qué es exactamente el material de partida? y por qué es pequeño por celda?

Intente encontrar el significado de las frases científicas comunes en inglés mediante una búsqueda en Internet. Y piense qué tan grande es una sola célula y cuánto ADN habría en ella.
¿Puede por favor vincular al documento que está citando? Sin un contexto, suena bastante difícil interpretar esta oración.

Respuestas (1)

La comparación que hacen los autores es entre la secuenciación masiva y la de una sola célula. Actualmente, la secuenciación de células individuales se está volviendo muy popular ya que permite análisis de grano mucho más fino de la expresión biológica. Por ejemplo, pueden determinarse subpoblaciones tumorales.

Sin embargo, el análisis de una sola célula pierde una gran cantidad de material genómico, lo que hace que las medidas resultantes (la expresión más frecuente) para cada célula tengan valores mínimos y escasos.

Por lo tanto, el material de partida es simplemente el ADN de cada célula, que está limitado por el proceso unicelular.

Escribes "el material de partida es simplemente el ARN en cada célula". Quizás pueda explicar cómo puede medir la metilación del ADN comenzando con el ARN. El cartel en realidad cita cuál es el material de partida: "ADN genómico", pero parece no estar familiarizado con la expresión inglesa "material de partida". En cuanto a la "cobertura de CpG" parecería que tanto su conocimiento científico como su inglés son deficientes. Pero ignoras esa parte de su pregunta.
Conozco el significado en inglés de las palabras "material de partida". Mi pregunta: ¿cuál es ese material de partida? y ¿por qué no es suficiente?
específicamente, ¿la cobertura de CpG es el número/porcentaje de sitios de GC cubiertos en la secuenciación? o es algo relacionado con la metilación?
La cobertura de CpG es un término general, pero pensar en ello como la fracción de sitios CpG metilados sobre el número total de sitios CpG es correcto. Para obtener el número de sitios CpG, es necesario realizar una secuenciación precisa del genoma. Como traté de explicar, el método de una sola célula limita la cantidad de ADN (se editó la respuesta para que sea correcta) que se puede secuenciar y, por lo tanto, la cantidad de sitios CpG no se conoce bien, ni tampoco la cobertura de CpG.
También la pregunta dice "¿Qué es exactamente el material de partida? ¿Y por qué es pequeño por celda?" nada sobre CpG, por lo tanto, no incluí una respuesta sobre CpG.
¿Qué es la cobertura de CpG? ADN material de partida?
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