En una conferencia durante mi licenciatura, se nos presentó la carrera para completar el genoma humano . Celera competía con Sanger y sus colaboradores para secuenciar el genoma humano. Celera quería patentar algunas secuencias, mientras que Sanger et al. Querían mantener sus hallazgos en el dominio público. Celera sabía que no podían competir con Sanger et al. con técnicas de clonación convencionales que requerían mucha mano de obra, "así que en su lugar optó por la secuenciación de escopeta " .
Para mí, parece que tanto la secuenciación basada en clones como la secuenciación de escopeta podrían haberse usado juntas, sin embargo, la semántica de los disertantes fue un poco vaga ( ... está bien, ¡no estaba prestando suficiente atención! ) y no pedí aclaración en el momento.
Si bien aprecio que este es un tema amplio, ¿cuáles son las principales diferencias entre la secuenciación aleatoria de Celera y la secuenciación basada en clones de Sanger a fines de la década de 1990? ¿Son "clonación de escopeta" y "secuenciación basada en clones" términos mutuamente excluyentes?
La respuesta corta v es que en la secuenciación de escopeta, el secuenciador recibe un conjunto de secuencias aleatorias del objetivo. Esto se puede hacer, por ejemplo, cortando mecánicamente el ADN y luego construyendo un conjunto de trabajos de secuenciación de escopeta que luego un ensamblador de genoma vuelve a compilar (es decir, en proyectos de secuenciación de genoma completo) en una secuencia completa.
En la secuenciación basada en clones, el ADN que se va a secuenciar se secciona específicamente en una secuencia copiada en plásmidos (BAC, cromosoma artificial bacteriano) para dividir el trabajo de secuenciación en secciones, una estrategia de división y conquista. Los BAC pueden tener una longitud de 150 kb solo para darle una idea.
Estos no son términos mutuamente excluyentes ; Los proyectos de secuenciación basados en clones suelen utilizar las grandes bibliotecas de clones para dividir el proyecto en un conjunto de proyectos de secuenciación instantánea.
En resumen: la base del proceso es la misma en ambos, la diferencia radica en que en la secuenciación basada en clones creas una biblioteca de ADN de las piezas de clones de ADN que obtuviste de la secuencia que usaste en primer lugar. Así, la gestión de datos y el montaje de contigs de ADN serán mucho más fáciles desde el punto de vista computacional. En la secuenciación de escopeta se hace lo mismo pero sin la clonación y las bibliotecas, se montan directamente contigs a partir de piezas de secuencia secuenciadas, por lo que se necesitan mejores computadoras.
También creo que su terminología es incorrecta: escopeta significa estrictamente la secuenciación basada en el corte aleatorio y la construcción consecutiva de contigs. Creo que es mejor que te refieras a la secuenciación de escopeta del genoma completo con "secuenciación de escopeta" (ya que la secuenciación basada en clones también es un método de secuenciación de escopeta).
"Me parece que tanto la secuenciación basada en clones como la secuenciación aleatoria podrían haberse usado juntas".
Creo que lo fueron. El proyecto público cortó el genoma en BAC y disparó cada BAC, y luego juntó los BAC, mientras que Venter usó información de posición de secuencia del esfuerzo público para ayudarlo a colocar sus piezas de escopeta.
terdón
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