Y adapta diferentes secuencias para unirlas a los extremos 5' y 3' de cada molécula en una biblioteca.
Los brazos de la Y son únicos y la parte central, conectada al fragmento de ADN, es complementaria.
¿Cuáles son las ventajas de esto?
Mi opinión de esto sobre tener adaptadores totalmente complementarios (ADAPTADOR1 - - - - - ADAPTADOR1) es que:
- Tras la hibridación del cebador, el cebador a su vez se uniría al inicio Y al final del fragmento de ADN y, por lo tanto, no permitiría que la síntesis continuara hasta el final. Por lo tanto, el próximo cebador no tendría una plantilla para unirse al comienzo del fragmento...
Los adaptadores en forma de Y también permiten la secuenciación de extremos emparejados. Los fragmentos tienen una secuencia única en cada extremo, lo que permite la primera "ejecución" para secuenciar un lado de todas las moléculas, luego sintetizar el reverso y secuenciarlo.
¿Estoy en el camino correcto?
Normalmente, cuando necesita dos adaptadores únicos, digamos A y B, en cada extremo de secuencias de inserción desconocidas, la ligadura del extremo cohesivo es difícil porque las secuencias de inserción son "desconocidas". Por lo tanto, debe realizar una ligadura con adaptador de extremo romo, en una reacción que contenga insertos desconocidos + adaptador A + adaptador B. Esto puede dar como resultado 3 versiones posibles del producto ligado con inserto: A-inserto-A, B-inserto-B y A -insertar-B , entre los cuales solo A-insertar-B es el único producto deseado.
1) La ligadura de insertos con cola A con adaptadores en Y le proporciona un 100 % de inserto A-B .
2) Ahora asignemos una direccionalidad al inserto, digamos desde la base 1 a la base 400. Después de la ligadura del adaptador en Y, tendrá 2 tipos de productos ligados con inserto por inserto: A-Insert (1-->400)-B y A-Insert(400-->1)-B , ambos muy útiles. Cada uno creará un grupo clonal separado y obtendrá información de la secuencia a partir de la base 1 y la base 400 del inserto, ya que en la secuenciación de lectura única, el instrumento siempre secuencia desde el Adaptador A. Sin embargo, para saber que ambas secuencias pertenecen a el mismo inserto, uno tendrá que hacer una secuenciación de extremos emparejados.
alan boyd