preparo un experimento y encontre como la mejor manera de secuenciar mis productos de PCR. Encuentro el costo: preparación de la biblioteca 655 dólares + secuenciación 435 dólares. Parece muy bajo. ¿Tiene alguna experiencia sobre la cantidad de muestra que puedo secuenciar en una sola ejecución (con una cobertura de alrededor de 30) y si realmente es por este precio?
Si es una buena idea usar PacBio depende mucho de lo que quieras secuenciar y lo que quieras hacer con los datos que obtienes. En resumen: obtienes lecturas más largas pero con un error de alrededor del 15 % por base. Esto significa que tendrá que lidiar con esos errores, hay posibilidades de hacerlo. No puedo decirle cuánta cobertura obtendrá de su muestra, ya que no sé qué tipo de muestra desea secuenciar.
La cantidad de datos que obtiene de una celda SMRT también depende de la química, creo que actualmente está entre 275 Mb y 375 Mb, según la química. Tienen un buen folleto que puedes mirar.
De todos modos, probablemente tendrá que obtener algunos consejos de un bioinformático de su elección sobre cómo diseñar y analizar su experimento de secuenciación.
tatiana.aghova
skymningen