Modelos matemáticos de selección de linaje

Estoy interesado en el concepto de selección de linaje (Aboitiz, 1991) como una explicación de por qué se seleccionarían rasgos para mejorar la velocidad a la que puede ocurrir la evolución, en lugar de mejorar directamente la aptitud de un individuo. (Tales rasgos podrían incluir la duplicación de genes; planes corporales que pueden adaptarse fácilmente a nuevos nichos; aprendizaje (que mejora la evolución debido al efecto Baldwin), etc. Las preguntas sobre la evolución de tales rasgos se denominan colectivamente "evolución de la capacidad de evolución". ) El término "selección de linaje" no se refiere a la selección de grupo o selección de parentesco, sino simplemente a la selección entre distintos linajes genéticos en una población mixta.

Lo que me gustaría saber es si se ha desarrollado una teoría matemática en la línea de la ecuación de Price que pueda capturar el concepto de selección de linaje y hacer predicciones al respecto. La selección de linaje no parece estar modelada por la ecuación de Price en sí misma, al menos no de una manera directa y obvia, porque a primera vista la ecuación de Price solo explica directamente la relación entre un rasgo y el número de descendientes en el siguiente . generación, en lugar del número de descendientes sobrevivientes varias generaciones después, que es lo que se requiere para la selección del linaje.

La razón por la que estoy buscando un modelo matemático es que hay una serie de intuiciones que muchas personas parecen compartir sobre la selección de linaje y me gustaría entender qué suposiciones se necesitan para que sean ciertas. En particular, parece claro que se necesitan grandes poblaciones para que la selección de linajes sea efectiva, y me gustaría comprender con precisión la relación entre el tamaño de la población y la efectividad de la selección de linajes. (Mi intuición es que con un tamaño de población de alrededor de un millón, la selección de linaje puede seleccionar rasgos que tienen un efecto beneficioso alrededor de 20 generaciones más tarde, ya que 1 , 000 , 000 2 20 , pero esta intuición carece de una base formal.)

Una búsqueda bibliográfica no arrojó nada en la línea de lo que estoy buscando, pero este no es mi campo principal y es posible que simplemente no sepa los términos de búsqueda más apropiados para usar.

Pregunta que está un poco relacionada: evidencia empírica para la selección de especies
Creo que hay bastante acuerdo entre la comunidad de selección de parentesco en que la selección de parentesco y la selección de grupo son exactamente lo mismo (ver aquí, por ejemplo).
@ Remi.b Soy bastante consciente de ese argumento (no estoy seguro de qué lado estoy), pero la selección de linaje en el sentido en que pretendo que no sea lo mismo que ninguno de ellos: no se trata de adaptaciones que benefician a los familiares, es puramente sobre adaptaciones que benefician a sus descendientes, varias (o muchas) generaciones después.
@Nathaniel, ¿ha tenido suerte al encontrar esto aquí o en otro lugar?
@sterid No lo encontré en la literatura, así que decidí hacer la investigación yo mismo. Pronto se publicará una versión inicial del trabajo en un documento de conferencia; ahora estoy revisando el manuscrito. Trataré de recordar publicar aquí una vez que esté disponible en línea.
Hola, @Nathaniel, me pregunto si el manuscrito está completo. Además, ¿podría explicar su intuición 2^20?
@sterid esto terminó siendo parte de un documento de conferencia aquí , pero eso no incluía el aspecto de la ecuación de precios. De hecho, he hecho algunos progresos en eso, y espero publicarlo este año. (Pero aún no he empezado a escribirlo).
@sterid, la intuición de 10 ^ 20 resultó ser adecuada para una población bien mixta. La razón es que una mutación neutral se arreglará o se extinguirá después de un tiempo que es aproximadamente el logaritmo del tamaño de la población en promedio (multiplicado por alguna constante). Solo puede haber competencia entre linajes durante el tiempo en que ambos coexisten, por lo que el tiempo de fijación limita la escala de tiempo en la que puede actuar la selección de linaje.
@sterid sin embargo, en poblaciones donde la dispersión es limitada, el tiempo de fijación escala solo polinomialmente con el tamaño de la población, y por esa razón las escalas de tiempo para la selección del linaje pueden ser mucho, mucho más largas. Este es el resultado principal del documento que vinculé anteriormente.
Hice una pregunta algo similar pero más limitada en TCS: cstheory.stackexchange.com/questions/42513/… Crickets también a eso, en la medida. La Sección III de biorxiv.org/content/10.1101/107847v1.full básicamente explica por qué esto es difícil de modelar.

Respuestas (2)

Los escritos de Samir Okasha (filósofo de la biología/ciencia) podrían ser un buen punto de partida. En su libro Evolution and the Levels of Selection , usa explícitamente la ecuación de Price para analizar la selección en múltiples niveles (p. ej., capítulo 2.3: La ecuación de Price en un entorno jerárquico), y también deriva una versión de varios niveles de la ecuación de Price:

w ¯ Δ z ¯ = C o v ( W , Z ) + mi ( C o v k ( w , z ) )

donde la primera parte del lado derecho representa la selección a nivel colectivo y la segunda parte la selección a nivel de partículas. Sin embargo, esto está dirigido principalmente a aspectos de la selección a nivel de grupo. También hay un capítulo sobre " Selección de especies, selección de clados y macroecolución " (cap. 7), pero esto no está directamente relacionado con la ecuación de Price. Sin embargo, una nota; Soy dueño del libro y he leído partes de él casualmente, pero no he trabajado con la ecuación de Price yo mismo, y no he verificado exactamente cómo se desarrolla y usa la versión extendida de la ecuación de Price en el libro.

Un par de referencias que pueden ser útiles son Frank (1998) (y otros artículos suyos) y artículos de Vrba. El trabajo presentado en este reciente resumen de la conferencia por Rankin, Fox et al (2014), " Using the Extended Price Equation to Analyze Species Selection in Mammalian Body Size Evolution Across the Paleocene/eocene Thermal Maximum ", parece describir exactamente el tipo de teoría desarrollos que está buscando (no asistí a la conferencia y, sin embargo, no he escuchado la charla).

Es bastante sencillo expandir la ecuación de Price si arreglas los operadores genéticos . Esto se hizo en un documento orientado a CS. Bassett et al. (2004) ( preimpresión ):

ingrese la descripción de la imagen aquí

donde k itera sobre los operadores genéticos.

Pero no es del todo sencillo (y sospecho que no es posible) hacer eso para una noción abstracta que lo abarque todo de la capacidad de evolución (de cada regla/mecanismo que podría evolucionar). Quiero decir, si las reglas/operadores son contables, podrías escribir una suma infinita en el lado derecho de esa ecuación, pero no está claro cómo ayuda eso en la práctica.

Si usa la versión multinivel (= selección de grupo) de la ecuación de precio (como se sugiere en la otra respuesta), aún tiene que decidir (a priori) sobre la agrupación, por lo que básicamente enumera los operadores (potencialmente evolutivos), aunque no eso en términos de grupos. Por ejemplo, un operador puede ser recombinación, que es lo mismo que decidir tener grupos para organismos sexuales y asexuales. Creo que el enfoque del operador puede ser preferible en algunos casos porque puede tener un valor real (es decir, una cantidad continua). Aunque no se utiliza explícitamente la ecuación de Price (arriba), se ha llevado a cabo una investigación de este tipo sobre la capacidad de evolución de operadores específicos (continuos), por ejemplo, sobre la tasa de recombinación óptima (Lobkovsky et al., 2016) , etc.


En un rumbo diferente, y posiblemente más cerca de la biología como idea general, en otro artículo orientado a CS, Touissant (2003) propuso una noción (no trivial) de incrustar la capacidad de evolución de los parámetros de interés en el espacio de genotipo "normal". .

En casos simples donde el espacio del genotipo se descompone (parámetros de estrategia) es obvio un espacio de incrustación de conjuntos neutrales. Para generalizar a conjuntos neutrales arbitrarios y mapeos genotipo-fenotipo arbitrarios, introdujimos la incrustación σ, es decir, incrustamos conjuntos neutrales en el espacio de distribuciones de probabilidad sobre el espacio del genotipo (distribuciones de exploración). [...]

la cuestión de cómo evolucionan las propiedades variacionales también se ha planteado en numerosas variaciones (pleiotropía, canalización, epistatis, etc.) en la literatura biológica. Estas discusiones tienen como objetivo comprender cómo la evolución puede manejar la introducción de correlaciones o robustez mutacional o modularidad funcional en la exploración fenotípica. Nuestra respuesta es que las propiedades variacionales evolucionan para aproximarse a la distribución de selección. Si, por ejemplo, ciertos rasgos fenotípicos están correlacionados en la distribución de selección F, entonces la divergencia Kullback-Leibler disminuye si estas correlaciones también están presentes en la distribución de exploración σ.

Por desgracia, no obtiene nada parecido a una ecuación de Price usando su enfoque. (Él tiene una noción gemela de evolución y σ-evolución, pero no hay jerarquía/agrupamiento). Si esta noción es realmente biológicamente útil, probablemente depende crucialmente de la incrustación.

Hay algunos artículos en la investigación biológica real que están más cerca de esta idea de capacidad de evolución "incrustada". Por ejemplo, un artículo (Lehman y Stanley, 2013) que analiza (en realidad define la capacidad de evolución en términos de) la variabilidad fenotípica.

una concepción ampliamente sostenida de la capacidad de evolución como la capacidad de un organismo para “generar una variación fenotípica heredable” [...], que también es la definición adoptada en este documento. Si bien la capacidad de evolución también se discute a veces en relación con la adaptación [...], la definición elegida refleja un consenso creciente en biología de que la variabilidad fenotípica por derecho propio merece estudio en el contexto de la capacidad de evolución.

Así que este es un tipo de incrustación de hormigón. Pero ninguna ecuación de precio basada en esta idea que pude encontrar allí...

Por otro lado, Rice (2008) sí propone una extensión estocástica de la ecuación de Price, basada en esta idea de que la variabilidad importa (o es todo lo que hay en la capacidad de evolución según algunos):

Varios estudios han demostrado que cuando la aptitud se trata como una variable aleatoria, lo que significa que cada individuo tiene una distribución de posibles valores de aptitud, tanto la media como la varianza de las distribuciones de aptitud individuales contribuyen a la evolución direccional. Desafortunadamente, la descripción matemática más general de la evolución que tenemos, la ecuación de Price, se deriva del supuesto de que tanto la aptitud física como el fenotipo de la descendencia son valores fijos que se conocen con exactitud. Por lo tanto, la ecuación de Price está mal equipada para estudiar una clase importante de procesos evolutivos. [...]

Presento una ecuación general para el cambio evolutivo direccional que incorpora procesos tanto deterministas como estocásticos y se aplica a cualquier sistema en evolución. Esta es esencialmente una versión estocástica de la ecuación de precios [...]

Esta [nueva] ecuación muestra que los efectos de la selección en realidad se amplifican por la variación aleatoria en la aptitud.

Finalmente, (como se reconoce en este último artículo) todas las variaciones en la ecuación de Price son sobre generaciones sucesivas inmediatas. Si desea iterar hacia adelante (hasta el infinito), debe usar una ecuación/modelo de difusión. (Véase el capítulo 7 del libro de Durrett , por ejemplo).

Gracias, esta es una respuesta muy útil con algunas referencias excelentes, que trabajaré en detalle.