Tengo una lista de genes de ratón, pero todo nuestro análisis ocurre con genes humanos. ¿Es posible traducir estos genes de ratón a genes humanos? y hay alguna herramienta que me puede ayudar en esto?
Soy principalmente un tipo de informática, no estoy seguro de que esto sea posible. Sin embargo, según alguien, esto podría suceder, aunque no espero una conversión completa.
Gracias.
Recomendaría usar Biomart de Ensembl. Esto es básicamente una navaja suiza para convertir nombres de genes en varias identificaciones, obtener las ubicaciones correspondientes en los cromosomas, etc. Puede cargar una lista de nombres de genes y convertirlos en los ID de genes correspondientes de otras especies y convertir estos ID nuevamente en nombres de genes.
Si aún no ha utilizado Biomart, puede comenzar visitando su página de ayuda o consultando este tutorial para la conversión de ID.
Parece que está buscando homólogos de genes de ratón en el genoma humano. BLAST debería poder ayudarte a encontrar eso. Es posible que desee encontrar las secuencias de los genes del ratón en GenBank y ejecutar BLAST en su contra.
Sin embargo, en este escenario, la proteína BLAST (BLASTp) en realidad lo ayudará más, ya que las secuencias de proteínas se conservan mejor que las secuencias de ADN entre especies. En este caso, debe encontrar las proteínas codificadas por los genes del ratón y luego ejecutar BLASTp.
MattDMo