Estoy aprendiendo sobre biología molecular y me encontré con el término 'expresión de proteínas' en un trabajo de investigación. He buscado la definición de este término en línea y en el sitio web de Thermo Fisher Scientific dice que "La expresión de proteínas se refiere a la forma en que las proteínas se sintetizan, modifican y regulan en los organismos vivos" . Sin embargo, en el sitio web del Instituto Nacional del Cáncer se establece que la expresión de proteínas “Se refiere a la producción de proteínas por parte de las células” .
Me preguntaba, entre estas dos definiciones, ¿cuál es más correcta? ¿Se puede usar también la expresión de proteínas para referirse a cómo se regulan las proteínas (p. ej., se puede usar el término expresión de proteínas cuando se habla de cómo una proteína regula la actividad de otra)? Cualquier idea es apreciada.
No existen definiciones formales aceptadas en la ciencia para frases ambiguas como "expresión de proteínas".
Si desea saber qué significa un autor en particular que usa una frase tan abreviada, debe examinar el contexto. Si desea escribir informes científicos que sean comprensibles para los demás, debe expresarse con precisión, definiendo las frases abreviadas que sean necesarias para evitar torpezas.
En el contexto de la pregunta, todo lo que significa "expresión de proteínas" para mí es "expresión de proteínas": la síntesis de la proteína a partir de alguna entidad que tiene el potencial para hacerlo. Es un nivel fundamental que sería un gen o ARNm que codifica una proteína (o proteínas, eso tampoco está claro), en cuyo caso esto podría expresarse de manera menos ambigua como, por ejemplo:
“…expresión de la proteína del gen X en la construcción del plásmido Y…”
“…expresión de proteínas a partir de ARNm in vitro…”
(Por lo general, mantendría la preposición. ¡Sé amable con ella, pobrecito!)
Para indicar que uno estaba interesado en el potencial de los tejidos para sintetizar proteínas, entonces (con el debido respeto del NCI, que probablemente esté simplificando para el profano) uno necesitaría escribir algo como:
“…expresión de proteína en las células hepáticas (después de una inanición prolongada, etc.)…”
Bajo ninguna circunstancia imagino que el término “expresión” implica o incluye “regulación” o “modificación postraduccional”. Para ilustrar por qué, considere el siguiente ejemplo de un uso perfectamente válido en esta oración:
“Un problema con la expresión de proteínas de mamíferos en bacterias es que no se produce la modificación postraduccional requerida”.
Si quisiera indicar que también estaba escribiendo sobre regulación, lo diría específicamente:
“La expresión de la hemoglobina en los reticulocitos y su regulación”
(y espera que otros también lo hagan).
El hecho de que, como biólogo molecular profesional, no esté de acuerdo con @MattDMo, quien también es científico profesional, solo demuestra que el término es ambiguo. A ambos nos gustaría el contexto.
La definición de Thermo Fisher es más explícitamente precisa, aunque se podría argumentar que el término " producción " en la definición del NCI también implica regulación y modificación postraduccional (PTM). De cualquier manera, la expresión de proteínas definitivamente incluye la regulación. Por lo general, cuando mide la expresión de proteínas, como por medio de Western blot, está observando la cantidad total de su objetivo (independientemente de si está usando un anticuerpo para proteína total o específico de PTM) en un solo punto de tiempo. Ese monto ha sido influenciado por regulaciones de diversa índole.
EDITAR Como David habla en su respuesta , el contexto es clave. Dadas sus preguntas recientes sobre el Western Blot con extractos de mamíferos, asumí implícitamente ese contexto en mi respuesta anterior, cuando de hecho podría haber otros contextos muy diferentes (como la producción de proteínas bacterianas o libres de células donde no existe otra regulación que la promotor(es) presentes).
Agregando un tercer punto de vista, soy principalmente un electrofisiólogo en neurociencia. En mi rincón del mundo, debo decir que podemos ser un poco descuidados con la terminología de la biología molecular.
Puede haber significados más precisos en otras áreas, pero cuando alguien escribe "expresión de proteínas", normalmente lo traduzco aproximadamente como "medimos proteínas". A veces se presenta como un contraste con la "expresión génica", que se traduce aproximadamente como "medimos el ARNm", o como "activación/actividad" de alguna proteína, lo que significa "medimos la fosforilación/medimos la actividad enzimática observando productos/reactivos".
De esta manera, como en la respuesta de MattDMo, la "expresión de proteínas" incluye todo lo que conduce a la traducción de proteínas y todo lo que sigue en términos de modificación y regulación, porque lo que en realidad se mide es el nivel de proteína en algún momento. Eso también podría ser todo lo que nos importa, si el objetivo es inferir algo sobre el papel de esa proteína en algún proceso celular. Los detalles de cómo llegó exactamente a esos niveles de proteína pueden ser importantes para otra persona, pero se omiten cuando se usa un término vago "expresión".
Si esto es lo que se quiere decir, ¿por qué no decir simplemente "proteína", en lugar de "expresión de proteína"? Creo que esto se debe a que cambia la "agencia" de lo que sucede de las moléculas de proteínas a una visión más integral de la biología celular. Cuando hablamos de cambios en la expresión de proteínas, implica que hay un cambio regulatorio , no solo una variación estocástica en los niveles de proteína: es un proceso activo en el que está involucrada la maquinaria celular, incluso si los pasos específicos involucrados no lo son. mencionado. Además, esta terminología deja abierta la posibilidad de que una observación involucre otros efectores aguas abajo.
ACVILL