Estoy leyendo el Manual de Neuroquímica y Neurobiología Molecular y estoy aprendiendo sobre la molécula de adhesión celular NCAM2 y me he encontrado con lo siguiente:
La estructura general de NCAM2 es similar a la de NCAM. Por lo tanto, NCAM2 consta de cinco módulos Ig (supuestamente del tipo C2) seguidos de dos módulos Fn3. La proteína existe en una isoforma anclada a GPI y en una isoforma transmembrana que contiene un segmento transmembrana de 20 a 25 aminoácidos seguido de una cola citoplasmática de 106 a 119 aminoácidos (Alenius y Bohm, 1997; Yoshihara et al., 1997).
Sé que NCAM2 se encuentra en la membrana celular y tiene un dominio extracelular, transmembrana e intracelular. Sin embargo, para la declaración anterior: la proteína existe en una isoforma anclada a GPI y en una isoforma transmembrana que contiene un segmento transmembrana de 20 a 25 aminoácidos seguido de una cola citoplasmática de 106 a 119 aminoácidos , es el término "segmento transmembrana". equivalente al dominio transmembrana? Además, ¿es el término 'cola citoplásmica' equivalente al dominio intracelular? Cualquier idea es apreciada.
Admitiré la derrota al tratar de encontrar la sección en el texto que vinculaste; si hay algo que Google no puede hacer, es buscar . Pero es mejor plantear preguntas como esta a Uniprot , que proporciona bastante información. Siguiendo ese enlace, verá que identifican 21 AA de topología transmembrana del 698 al 718, con un dominio citoplasmático después. Entonces, la cola citoplasmática es el dominio intracelular.
En cierto sentido, hay un segundo dominio transmembrana, el péptido señal del 1 al 19, pero debido a que se escinde, se le presta poca atención. El dominio extracelular comienza en 20, con un extremo N fuera de la célula.
Para citar a Wikipedia, un dominio transmembrana "generalmente denota una sola hélice alfa de una proteína". Probablemente deberías escucharlos sobre un tema así porque nadie está más obsesionado con la semántica (es una especie de voto). Filosóficamente, puede imaginarse que múltiples segmentos transmembrana podrían operar como una unidad funcional, pero cada uno de estos segmentos estaría separado por alguna región de secuencia extracelular o intracelular del siguiente. Un "dominio" en una proteína es una unidad autónoma en la secuencia primaria , no solo una serie de hélices que resultan estar cerca unas de otras, por lo que eso no funcionaría. Y, de hecho, si observa un documento de GPCR , hablan en términos estándar de siete dominios transmembrana, incluso cuando analizan cómo funcionan juntos.