Soy un graduado de CS que trabaja en Biología Computacional. Si bien los aspectos teóricos de AP/MS (y los diversos tipos) y Y2h son bastante claros para mí, el aspecto técnico real de construir redes PPI a gran escala no lo es. ¿Hay alguna máquina que pueda hacer estos experimentos? ¿Cuánto tiempo tomaría construir una red para, digamos, 2000 proteínas? ¿Hay alguna empresa que pueda prestar este servicio?
Apreciaría cualquier ayuda. He buscado mucho pero no he podido encontrar una respuesta para esta pregunta.
Depende de la red PPI. Algunos, como DIP , son exclusivamente experimentales, y dependen de AP/MS robóticos de alto rendimiento, purificación por afinidad en tándem, Y2H, reticulación con formaldehído, cosas inteligentes que involucran medios fluoróforos, etc. Hay muchos métodos diferentes, es lo que yo estoy diciendo Y2H tiene una alta tasa de falsos positivos, la inmunoprecipitación es costosa (los anticuerpos cuestan dinero), otros tienen otros inconvenientes .
También puede explotar el enorme cuerpo de investigación existente utilizando la minería de texto, aunque eso es realmente tosco. (Todo se reduce a: la proteína A y la proteína B o sus seudónimos a menudo se mencionan en la misma oración, deben estar relacionados de alguna manera). También hay métodos de RNASeq, en los que simplemente haces cientos de experimentos de RNASeq y dos genes que se correlacionan (o se correlacionan inversamente) probablemente interactúen de alguna manera. Si dos proteínas interactúan en el organismo A y tienen homólogos estrechamente relacionados en el organismo B, es probable que las proteínas también interactúen en el organismo B.
En resumen: de muchas maneras diferentes. Sería prudente verificar la procedencia de un enlace en dicha red y manejarlo de manera diferente dependiendo de qué tipo de enlace sea si está trabajando con redes grandes como esta.
No sé si hay empresas que hagan esto comercialmente, pero el Centro Max Delbruck le hablará sobre la proyección de algo personalizado. No sé cuánto tiempo tomaría, pero 2000 proteínas no tomarían mucho tiempo, en términos relativos. El genoma humano tiene decenas de miles de proteínas, por lo que 2000 proteínas serían solo unos pocos puntos porcentuales del esfuerzo. Sin embargo, si son totalmente novedosos, probablemente haya tiempos de configuración de la biblioteca y gastos generales, pero ni siquiera tengo una buena estimación de cuánto tiempo llevaría esto. Depende de con quién hables, supongo.
aliced
Juan