¿Qué patrón se puede aprender de los datos de los recuentos de secuencias de ARN y la matriz HiC? [cerrado]

Ahora tengo algunos datos sobre los recuentos de secuencias de ARN y la matriz Hi-C relacionada del segmento genético en un cromosoma. Mi preocupación es, básicamente, qué podemos hacer con estos datos para establecer la conexión entre los dos tipos de datos, como el nivel de expresión del segmento génico y la interacción del segmento génico, ya que parece que están correlacionados. Gracias

¿Quizás comenzar con algunos tutoriales? Este parece interesante: jove.com/video/1869/… Además, no ha realizado ningún trabajo de fondo para su pregunta, así que no espere una respuesta sustancial.
Tienes que ser más claro que esto. Hay muchas cosas que puede hacer con los datos. Se realiza un experimento para probar algún tipo de hipótesis. Con solo los datos y sin una pregunta subyacente, puede calcular cualquier cosa. Puede ser incluso una comparación de las fidelidades de secuenciación entre dos tipos de métodos. El punto principal es ¿qué te interesa encontrar?

Respuestas (1)

Me parece que se trata de dos datos independientes. mRNA seq permite (en caso de amplificación lineal) cuantificar las transcripciones de ARN mensajero de los genes de interés. es decir, cuántas copias de mRNA para un gen determinado hay en la célula en este momento. Es en última instancia, qué tan activo es este gen. En las neuronas, diferentes genes serán más activos que en las células epiteliales, y viceversa. El patrón de expresión genética proporciona la identidad de la célula.

El método Hi-C, estrechamente relacionado con la captura de conformación cromosómica , responde a la pregunta: qué genes interactúan físicamente en el núcleo a través de proteínas estabilizadoras (p. ej., potenciadores). Hay más en el video , pero la idea general es que te permite ver cómo los genes se posicionan dentro de la intrincada cromatina. Dado que muchos elementos genéticos pueden interactuar físicamente mediante, por ejemplo, potenciadores, 3C/Hi-C permite la detección de tales interacciones. O, al menos, la cuantificación de la correlación entre las posiciones físicas de dos genes.

Ahora, la única conexión directa entre mRNA seq y Hi-C que puedo dibujar es siguiendo la lógica: los genes transcritos activamente se encuentran en regiones expandidas y menos tensas de la cromatina. Por lo tanto, será difícil entrecruzar genes en tales regiones y la correlación será baja. Los genes silenciosos, si están ubicados cerca del núcleo, se entrecruzarán con alta probabilidad, porque la cromatina es más densa alrededor de los genes no transcritos.

HiC y 3C (captura de conformación cromosómica) no identifican qué genes se encuentran cerca del cromosoma. Estas técnicas capturan interacciones ADN-ADN de largo alcance, como la que existe entre potenciadores y promotores. Básicamente captura bucles de ADN estables.
¿Sería justo decir que tales técnicas detectan la proximidad física en la cromatina? Entiendo que no se trata de la posición a lo largo del cromosoma.
ellos si. De hecho también se ha estudiado la regulación trans-DNA pero estas interacciones tienen que ser estabilizadas por algún factor que suele ser una proteína
RNA-Seq le permite medir los niveles de estado estacionario de una transcripción en una célula o tejido en un punto de tiempo específico (promedio de todas las células que se recolectaron y lisaron).
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