Leí que las interacciones de proteínas encontradas usando métodos de alto rendimiento son menos confiables que las encontradas usando métodos de bajo rendimiento.
Por ejemplo, al buscar la interacción de BRCA2 en BioGRID, obtuve este resultado.
Por lo tanto, no estaremos seguros acerca de la interacción de BRCA2 con SIRT1, ya que se ha encontrado con un método de alto rendimiento.
Mi pregunta: ¿Podría darme una explicación muy simple de cuál es el significado de las técnicas de alto y bajo rendimiento? (Tengo una idea vaga al leerlo en la web, pero no estoy satisfecho con mi comprensión). ¿Por qué el alto rendimiento no es confiable en este caso?
Una razón por la que puedo pensar es que implican principalmente estudios in vitro.
Este artículo es un mal ejemplo, se ha retractado. Ver aquí _ Pero esto no importa para los métodos. Esto se hace normalmente mediante los llamados "estudios de asociación del genoma completo". Allí compara la regulación de su grupo de interés con un grupo "normal" para encontrar genes que se expresan de manera diferente. Esto es algo que hicimos: sobreexpresamos un factor de transcripción en una línea celular y lo comparamos con la línea celular no transfectada, que no tiene este factor. La comparación trae genes expresados de manera diferente. Esto se hace con microarreglos o, en la actualidad, más como secuenciación de ChIP (hágamelo saber, si quiere saber más, puedo entrar en detalles).
Cuando analiza dichos datos, primero corta todos los datos, que están por debajo de un cierto umbral para asegurarse de que reduce la cantidad de falsos positivos. Un umbral bajo para el reconocimiento de cambios significa que es más probable que tenga genes falsos positivos en su lista final. Esto puede suceder debido a cambios en la celda o las condiciones, efectos secundarios, etc. Y también tendrás señales, que aparecen estadísticamente y que son falsos positivos.
Si elige su umbral demasiado alto, reducirá el número de falsos positivos, pero en el lado negativo, también generará falsos negativos, ya que rechaza genes que solo tienen un cambio relativamente bajo pero que son reales. El equilibrio entre esto no siempre es fácil. Como regla general, generalmente se usa todo lo que cambia al menos dos veces en la expresión (a menos que lo controle mejor).
Incluso cuando se filtre, el resultado del experimento seguirá conteniendo algunos falsos positivos. Luego también registrará algunos efectos secundarios, lo que significa que su gen de interés regula un segundo, que regula un tercero. Como saldrán ambos en el análisis, parecerá que el tercer gen está regulado por el primero (y no por el segundo, como sería correcto). Y estas son las razones por las que normalmente cada interacción entre dos genes (o mejor: entre una proteína y un gen cuando se habla de un factor de transcripción o dos proteínas) necesita ser verificada en el laboratorio húmedo. Y esto es trabajo, que puede ser bastante difícil.