La pregunta prácticamente se explica sola. ¿Cómo se comparan los dos métodos? Siempre he usado Assembly PCR, pero el método es propenso a errores y tengo curiosidad por saber cómo se compara con la reacción en cadena de ligasa (LCR).
He usado tanto el ensamblaje de Gibson (¿qué quiere decir con ensamblaje?) como el LCR como reemplazos para la clonación de extremos romos o pegajosos. LCR, para mí, ha funcionado mejor en el sentido de que una mayor proporción de construcciones que salen se han ensamblado correctamente y no he notado mutaciones después de LCR, mientras que las he visto con cierta frecuencia con Gibson.
En cualquier reacción de PCR (incluida la PCR de ensamblaje), el sustrato de la reacción es una mezcla de mononucleótidos. Los oligos específicos sirven como cebador mediante recocido en la plantilla y se extienden mediante una ADN polimerasa. Es una reacción de polimerización. En el LCR no hay mononucleótidos, sino que hay muchos oligos diferentes que se hibridan uno tras otro en la plantilla y se utiliza una ligasa de ADN para unirlos y formar una molécula de ADN más larga. Es una reacción de ligadura. Estas dos reacciones tienen mucho en común. En primer lugar, se basan en el recocido de oligos en una plantilla. En segundo lugar, tanto la polimerasa como la ligasa deben ser termoestables. De hecho, ambas reacciones aprovechan la termoestabilidad de las enzimas para llevar a cabo ciclos de hibridación, reacción (polimerización o ligadura) y fusión.
Aquí una buena presentación que muestra estos conceptos con algunos gráficos.
Kevin