Contenido de ADN en semillas de plantas vs pulpa de fruta

¿Existe una publicación que compare el rendimiento del ADN y/o la amplificabilidad por PCR después de la extracción de la pulpa de la fruta (como manzanas, naranjas, cerezas, etc.) en comparación con las semillas de las mismas frutas?

Preferiría una referencia, pero también me interesa tu experiencia inédita.

Una conjetura rápida es que será más fácil extraer ADN (sin inhibidores) de material fresco, ya que las semillas están hechas para sobrevivir. Esto puede causar problemas en la preparación.
Las paredes celulares son un problema importante para la extracción de ADN (longitud de secuenciación). Normalmente obtendrá un rendimiento más utilizable de la pulpa de la fruta que de las semillas duras. Sin embargo, otro problema podría ser el aceite esencial en la pulpa de la fruta.

Respuestas (1)

Depende de la semilla y la fruta de la que estés hablando.

La cantidad de ADN en su muestra triturada de materia vegetal depende de una sola cosa: cuántas células hay en su muestra. Mira este diagrama de un grano de maíz ( U de Indiana ):

maíz

Hay diferentes densidades de células en cada área: en el endospermo, las células pueden ser enormes (y por lo tanto tienen una menor densidad de ADN en comparación con el embrión).

Veamos una semilla de mostaza manchada ( U de Londres ):

histología de la semilla de mostaza

Como puede ver, las celdas aquí son muy densas. Más denso significa más ADN por unidad de muestra .

En lo que respecta a la fruta, se aplica la misma regla general. Verner, 1938 muestra una interesante histología de tejido de manzana que podría darle una idea de la densidad celular en el tejido de la fruta (nuevamente, será diferente en diferentes frutas; busque "fruitname histology"si está interesado).

Sin embargo, ahora que hemos hablado sobre la densidad, debemos pensar realmente en sacar el ADN. El proceso de extracción es en realidad mucho más importante en términos de rendimiento final.

Muchas semillas de plantas contienen polifenoles, que pueden causar la degradación del ADN. Este protocolo ( Cornell U ) detalla muchas de las posibles deficiencias:

También se ha informado que estos compuestos causan dificultades en la purificación del ADN en otras especies de plantas; polisacáridos (Murray y Thompson, 1980; Fang et al., 1992); compuestos polifenólicos (Katterman y Shattuck, 1983; Couch y Fritz, 1990; Howland et al. 1991; Collins y Symons, 1992); y materiales pegajosos y resinosos (Webb y Knapp, 1990).

Estos contaminantes pueden degradar el ADN, pero también inutilizarlo en la amplificación por PCR y la digestión con endonucleasas ( Kim et al. 1997 , Cornell U , EPICENTER Biotechnologies ).

En general, definitivamente existen diferencias específicas de especie en el contenido de ADN de plantas de frutas/semillas. Sin embargo, en la práctica , el factor más importante en el rendimiento y la viabilidad del ADN para la experimentación futura es la pureza y la contaminación de la muestra. Las frutas y semillas específicas pueden contener uno o más de los contaminantes anteriores, por lo que la respuesta a "¿Semillas o frutas?" definitivamente depende de la especie de planta con la que estés trabajando.

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