De hecho, soy un biólogo computacional, disculpe si la descripción de mi pregunta es un poco fuera de lugar, mi curiosidad me está impulsando.
Un poco de antecedentes y contexto: en las bacterias, una proteína reguladora denominada CsrA se une a ciertas estructuras en las regiones UTR de los genes y evita su traducción. Estas estructuras tienen forma de horquilla corta y todas tienen nucleótidos AGGA en la parte expuesta. Hay sRNA que aíslan la proteína de sus objetivos, una característica común de estos sRNA es que tienen varias horquillas repetitivas que muestran más o menos nucleótidos AGGA en la parte expuesta. Básicamente, los sRNA imitan las estructuras en los objetivos de las proteínas y eso los convierte en potentes competidores para la unión de proteínas contra los genes realmente objetivo de la proteína. Al confiar en este mimetismo, los sRNA se unen a CsrA, lo aíslan de sus objetivos y eliminan su supresión en la traducción génica.
Mi pregunta: ¿Hay otros ejemplos que ilustren mecanismos similares de analogía/mimetismo de sRNA para unir proteínas?
Lo que probé He hojeado mucha literatura para identificar otros sistemas similares en bacterias donde los sRNA han conservado estructuras repetitivas pero fue en vano. Espero que alguien con una experiencia más profunda me dirija a tales ejemplos en cualquier organismo vivo, preferiblemente bacterias, pero estoy abierto a sugerencias. Encontré CRISPR, pero estos están basados en ADN, me he encontrado con algunos otros ARNs que actúan en cis que se dirigen a los ARNm y no se unen a proteínas. Entonces, ¿podría ser el caso de que los imitadores de sRNA no sean muy penetrantes en las bacterias después de todo?
La regulación mediada por sRNA en bacterias opera a través de diversos mecanismos. Este caso de sRNA que compite con un mRNA por una proteína es un tipo de regulación pasiva. Esto puede ser bueno para el ajuste fino, pero puede no ser muy eficiente. Es mucho mejor regular activamente un ARNm por unión directa. Además, funcionará solo si la proteína en cuestión está en concentraciones limitantes.
No he encontrado ningún ejemplo de lo que le interesa. Puede haber una situación similar en el caso de un sistema eucariota. Los miARN pueden valorarse mediante ARN largos que tienen múltiples sitios de unión para ese miARN, lo que hace que los miARN no estén disponibles para unirse al ARNm objetivo. Estos ARN largos se denominan ceRNA (ARN endógeno competitivo) o esponjas de miARN (este término se usa principalmente si el ARN es exógeno). Sin embargo, esto no es realmente una interacción proteína-ARN a pesar de que el complejo RISC contiene proteínas.