¿Cuántas proteínas de unión a ARN pueden unirse simultáneamente en un solo ARNm?

Por lo general, ¿cuántas proteínas de unión a ARN pueden unirse simultáneamente a un solo ARNm? O dicho de otro modo, ¿cuántos "sitios de unión" tiene un ARNm? ¿Qué orden de magnitud?

Estoy interesado en gránulos de ARN como gránulos de estrés o cuerpos P. Contienen, entre otras cosas, ARNm y proteínas de unión a ARN. No soy biólogo y no encontré esta información hasta ahora en la literatura relacionada.

¿En qué tipo de células? ¿Bateria o células eucariotas?
Ambos tipos pueden ser de mi interés, siempre que sean relevantes para los gránulos de ARN.

Respuestas (1)

Ver este documento . Han estudiado los sitios protegidos por RBP en todo el transcriptoma humano mediante el entrecruzamiento de proteínas de ARN seguido de la digestión y secuenciación de ARNasa: PIPseq.

La Figura 1 del artículo muestra la distribución de los sitios protegidos por proteínas en los ARN. También lo correlacionan con diferentes regiones de mRNA y su expresión.

Muestran la cantidad de sitios protegidos por proteínas (PPS) por transcripción, pero en mi opinión, esa no es una métrica adecuada. El número debe normalizarse con la longitud de la transcripción para que obtenga la densidad de los sitios protegidos. A partir de la figura 4 (ver a continuación), puede estimar aproximadamente que la densidad promedio de PPS es cercana a 0.6, lo que significa que se espera que el 60% de cualquier ARN esté unido a proteínas.

                ingrese la descripción de la imagen aquí

Figura 4

Otros puntos a tener en cuenta:

  • Los ARNm altamente traducidos tendrán múltiples ribosomas en su CDS y es probable que estén más protegidos.
  • Los ARN secuestrados en gránulos de estrés también tendrán una alta densidad de PPS
  • La huella de diferentes prácticas comerciales restrictivas será diferente. Por lo tanto, la cantidad de proteínas que pueden unirse a un ARNm diferirá entre las diferentes prácticas comerciales restrictivas.

Otras lecturas:

HTH :) También puede echar un vistazo a los perfiles de ribosomas - experimentos de secuenciación.
@David Agregué algunos enlaces más a estudios sobre sitios de unión de RBP
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