Quiero entender cómo un motivo está presente o no, se puede deducir de un archivo PDB. ¿Hay alguna regla general para formar motivos 3D? ¿Como una serie de hélices y láminas en alguna dirección conducirá a un motivo 3D particular? ¿Existen tales reglas? Si es así, ¿algún recurso que me pueda proporcionar?
Por ejemplo, beta-horquilla. ¿Cuál debería ser la secuencia de aminoácidos o hélice/lámina que daría como resultado la formación del motivo de horquilla beta?
Un motivo es un patrón que descubres en una estructura por análisis. Por ejemplo, los motivos de secuencia comunes son fragmentos de secuencia corta con partes similares a una expresión regular . Entonces, si tiene un motivo como "A*C", esto coincide con las secuencias "AAC" y "ACC", pero no con "ACA". Puede invertir el proceso para descubrir el motivo de las secuencias.
De manera similar con motivos estructurales en proteínas. Una horquilla beta es:
El motivo consta de dos hebras que son adyacentes en la estructura primaria, orientadas en una dirección antiparalela... y unidas por un bucle corto de dos a cinco aminoácidos.
Entonces, primero debe determinar dónde están los hilos y los bucles, luego cómo se conectan los hilos en hojas y, finalmente, reconocer las horquillas. Es la definición del motivo mismo lo que determina cómo lo descubres.
Algunos recursos que pueden ser útiles son:
chica101
gileain