¿Qué prueba aplicar para detectar firmas genómicas de selección?

Me gustaría pedirle sus sugerencias para seleccionar una prueba para detectar firmas de selección en el siguiente modelo de ratón:

Tenemos tres grupos: animales que exhiben el rasgo A, el rasgo B y los controles. Estos animales fueron seleccionados durante las últimas 4 décadas (los controles se aparearon al azar y no muestran ninguno de los rasgos). Eso es un total de 170 generaciones (~ 4 generaciones por año).

Queremos detectar las firmas genómicas de selección para el rasgo A y B.

Soy nuevo en genómica de poblaciones, pero según este artículo ( http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/21218185 ), se muestra un árbol de decisión (fig. 1). Debería aplicar una prueba de Desequilibrio de Fst y de Linckage, dado que la escala de tiempo sería corta (40 años, 170 generaciones) y hay múltiples poblaciones.

¿Podría corroborar si este es el enfoque correcto?

Gracias

¿Asumes que sabes qué loci están afectando el rasgo? ¿Qué tipo de datos tienes? Hay varios enfoques diferentes. Aquí , aquí y allá hay algunos documentos que deberían ayudarlo.
Gracias. No tengo idea de los loci que afectan el rasgo. El propósito del estudio es definir eso. Haremos resecuenciación.
De acuerdo. Realmente tienes una serie de diferentes algoritmos existentes para eso. No puedo hacer aquí una buena lista y comparación de estos algoritmos, pero los documentos antes mencionados deberían ayudar. Otro conjunto de preguntas que debe hacerse es: "¿Sé en qué entorno se seleccionan los individuos?", "¿Están ocurriendo los individuos en un continuo de gradiente ambiental o están ocurriendo en cualquiera de dos entornos diferentes?".
Espero haber respondido bien la pregunta: las líneas del mouse se han seleccionado artificialmente en las mismas instalaciones del laboratorio. A partir de una población fundadora, los animales se agruparon por rasgo A o B. Dentro de estos grupos, los animales se aparearon durante ~170 generaciones, evitando la endogamia. Se mantuvo una línea de control, se apareó al azar y no presenta ninguno de los rasgos.
¿Dónde está el proceso de selección? ¿Solo la separación según su valor de rasgo?
Sí, fueron separados según su valor de rasgo. Los rasgos A y B aumentaron constantemente durante las ~170 generaciones.

Respuestas (1)

Supongo en esta respuesta que no tiene ninguna información sobre qué entorno está afectando la presión de selección para que no se puedan usar métodos como Bayenv2 .

Los algoritmos estándar son:

  • Prueba de Lewontin-Krakauer
  • fdist
  • BayeScan
  • FLK
  • Adaptar PC

Whitlock y Lotterhos 2014 mostraron que, en la mayoría de los casos, FLK y Bayenv2 funcionan mejor que los otros tres. Varios artículos (Meirmans 2012, Bierne et al 2013, De Mita et al 2013 y Fourcade et al 2013) también han demostrado que fdist y BayeScan sufren una alta tasa de falsos positivos. Por lo tanto, recomendaría ir con FLK , pero probablemente no soy lo suficientemente bueno como para dar buenos consejos.

Tenga en cuenta que debe aprender un poco sobre cómo funcionan estos algoritmos y no usarlos a ciegas.

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