Que yo sepa, el mtDNA solo se hereda de la madre. Por lo tanto, si calculo Fst a partir de SNP autosómicos, obtendré la distancia genética real entre dos poblaciones humanas.
Si calculo la distancia genética Fst entre dos poblaciones humanas en función de las secuencias de mtDNA, entonces no se puede usar solo para sacar conclusiones sobre su distancia genética.
Por ejemplo, una población mezclada obtendrá un valor Fst relativamente bajo con su población ancestral materna (suponiendo que la mezcla fue causada por la migración unisex) cuando se calcula en base a secuencias de mtDNA. Sin embargo, la distancia Fst basada en los SNP autosómicos será relativamente mayor (dependiendo de la proporción de la mezcla).
¿Es esto correcto?
Sí, estás en lo correcto.
puede variar entre regiones genéticas específicas consideradas. Si, por ejemplo, hay una fuerte afluencia de mujeres de la población A a la población B, entonces el mtDNA y el cromosoma X (excluyendo la región pseudo-autosómica) mostrarían un tamaño mucho más pequeño. entre las dos poblaciones de lo que lo haría el cromosoma Y.
Muchos otros procesos no demográficos pueden afectar . Selección de fondo ( Charlesworth et al., 1993 ; Matthey-Doret y Whitlock, BioRKiv, 2018 ), barrido selectivo (por ejemplo, Chen et al., 2010 ), desventaja heterocigota ( Ingvarsson y Whitlock, 2000 ), epistasis negativa y otros procesos pueden afectar también y causa diferir entre las regiones genéticas. Incluso la variación de la tasa de mutación ( Whitlock y McCauley, 2001 ) puede afectar (si la tasa de mutación para los loci considerados no es ridículamente pequeña en comparación con la tasa de migración).
Para una introducción a los malentendidos comunes de cómo trabajos, Whitlock y McCauley (2001) es una lectura obligada.
Solo para completar esta respuesta, ¿Fst calculado a partir de SNP autosómicos sería completamente representativo de la distancia genética entre dos poblaciones? Digamos que para la afluencia de hembras de A a B, ¿la Fst autosómica mostrará correctamente que la población mezclada está entre A y B (depende de la proporción de la mezcla)?
La dificultad aquí está en las frases fully representative of the genetic distancey correctly show. No existe una distancia genética correcta (verdadera) entre las poblaciones, solo existen las estadísticas de distancia genética que uno quiere definir y esas estadísticas se ven afectadas por varios procesos.
¿Afectaría una afluencia de mujeres entre las poblaciones en loci autosómicos? Sí. ¿Sería este efecto el mismo que en mtDNA? No exactamente, no. ¿El análisis completo de la variación genética entre la población está representado por ? No, es solo una estadística de resumen (al igual que una media o una varianza).
Si hay una estadística específica (como la tasa de migración efectiva, el tamaño efectivo de la población o la ubicación de los loci involucrados en la adaptación local, por ejemplo) que está tratando de inferir de estos cálculos, entonces tal vez debería preguntar si la computación por un método específico le permitiría hacer una buena inferencia de una estadística específica de interés.
rudy winono
Remi.b