¿Puede VMD cambiar su representación de dibujos animados por una estructura secundaria según las trayectorias?

Estoy usando VMDpara visualizar la estructura secundaria de la proteína.

Las trayectorias son de mi simulación Gromacs. En primer lugar, uso File - New Molecule...para cargar el protein.groarchivo. En segundo lugar, uso File - Load Data into Molecule...para cargar mis protein.xtctrayectorias.

Luego uso Cartoonpara visualizar la estructura. A medida que arrastro los marcos de tiempo, todas las estructuras secundarias (p. ej., hélice alfa, hoja beta) se mantienen igual. Pero estoy bastante seguro de que algunos de ellos están cambiando, mientras analizo el Timelineanálisis de la estructura secundaria.

Entonces, ¿cómo usar VMDpara ver las estructuras secundarias en diferentes marcos de tiempo?

¡Muchas gracias por la ayuda de @Stefan! ¡Finalmente funciona! Así que siga la guía de Stefan y reemplace el molidcon el número debajo del IDen el VMD Main.

Veo que esto se preguntó primero en bioinformatics.SE: bioinformatics.stackexchange.com/questions/3432
si, porque nadie contesta.
Y, ¿podría decirme dónde está la regla de que no puedo hacer una pregunta repetida en dos sitios? @marcin
@lanselibai está por todas partes, consulte esta respuesta del cofundador de SE, por ejemplo. Y no es una regla per se, pero generalmente se prefiere que adapte sus preguntas a la audiencia del sitio en el que está publicando.
Entiendo la necesidad de preguntar en un solo lugar. Pero debido a que no hay un límite claro con respecto a mi problema con el software VMD, creo que puede adaptarse a ambos sitios. Por lo tanto, sería mejor si hubiera una definición explícita de dónde debería publicarse mi pregunta.
@lanselibai: "Animación de la estructura secundaria" ks.uiuc.edu/Research/vmd/vmd-1.3/ug/node256.html

Respuestas (2)

Como señaló Martin, VMD no actualiza el contenido de la estructura secundaria en el transcurso de una trayectoria de MD. Puede hacer esto fácilmente en VMD usando el script SSCache:

http://www.ks.uiuc.edu/Research/vmd/script_library/scripts/sscache/sscache.tcl

Creo que viene con las versiones más recientes de VMD, pero no estoy exactamente seguro; incluso si no, puede obtenerlo fácilmente:

Extensiones > Consola Tk (en la consola, escriba source Downloads/sscache.tcl(o donde haya guardado el script)). Una vez que haya obtenido el script, lo más fácil sería cargar su topología y trayectoria y (en la consola Tk) emitir el comando start_sscache molid, aunque le aconsejo echar un vistazo a los ejemplos y opciones en el script.

muchas gracias. Tanto source Downloads/sscache.tcly start_sscache molidpodría utilizar. Sin embargo, a medida que me muevo a lo largo del marco de tiempo, no pude ver ningún cambio en la estructura secundaria (SS). Estaba usando Extensions- Analysis- Timeline- Calculate- Calc. Sec. Struct.para visualizar el SS, así que sé que el SS definitivamente está cambiando. Entonces, me pregunto si sscacheestá adoptando el mismo algoritmo que Timeline(que es STRIDE) para SS.
'molid' en este ejemplo es solo un sustituto de la ID de su sistema; puede verlo en ID al lado del número de átomos en la ventana principal de VMD. Si su sistema se llama 'myMolecules', debe ejecutar start_sscache myMolecules en la consola Tk (por supuesto, debe ejecutar source Downloads/sscache.tcl)

Animando la estructura secundaria en VMD

Las definiciones de estructuras secundarias para las moléculas en VMD no cambian durante una animación, pero se puede hacer que lo hagan con un seguimiento en la variable Tcl vmd_frame($molecule). La forma más sencilla es llamar a vmd_calculate_structure(molecule) cada vez que cambia el marco. . .

¿Puede VMD cambiar su representación de dibujos animados por una estructura secundaria según las trayectorias?
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