estructura secundaria de proteina de levadura

tengo un archivo fasta de orfs de levadura (de la base de datos SGD ) y necesito averiguar la estructura/clasificación secundaria (prevista) para todos ellos (así que ~6K consultas y hacerlo a mano en numerosos sitios web disponibles no es una opción) . ¿Es la base de datos CATH un lugar que me puede dar esta información? (Hasta ahora, me cuesta recuperar cualquier cosa que pueda ayudarme del sitio web, pero tal vez me estoy perdiendo algo), si no, ¿cuál es la mejor manera/software para hacerlo? seguramente, estas predicciones se han hecho antes y hay una base de datos en alguna parte: la levadura es un organismo demasiado importante, con mucha información sobre su genoma.

Muchos recursos están disponibles en línea , elija según sus requisitos y la proteína de interés.
@Dexter, gracias. Conozco bien este sitio y otros, pero necesito el procedimiento automatizado: tengo ~6k ORF y necesito ejecutarlos todos a través del algoritmo para obtener una estructura secundaria.
Entonces necesitas un poco de programación con consultas al servidor . Alternativamente, busque un servidor que acepte secuencias por lotes.
@Dexter, lamentablemente, esto no es algo que pueda hacer, así que buscaba más un código (R/python) o un software relativamente fácil de usar. Tengo problemas para instalar y ejecutar s2D (cuya versión de servidor probé y aprobé) en este momento y es una pesadilla.

Respuestas (2)

De los comentarios entendí que necesita predicciones a granel. Puede utilizar el sistema basado en API de JPred . Le permiten enviar más de 1000 trabajos por usuario por día. Puede seguir las instrucciones paso a paso desde su documentación . ¡Parece sencillo!

Otro éxito que obtuve mientras buscaba es Phyre2 . Estoy seguro de que hay muchos servidores de este tipo.

Phyre2 me tomó una cantidad de tiempo no trivial para recuperar un modelo. Sin embargo, no sé si su procesamiento por lotes es más rápido.
@canadianer No he revisado ninguno de estos sitios. La integración de API suena interesante. Mi elección personal se enviará al servidor ExPASY a través de consultas de Python, pero supongo que OP no es (o no quiere ser) un programador.
@Dexter, como dijiste, JPred fue muy fácil de configurar y usar, gracias de nuevo. y estoy programando yo mismo, sin embargo, no tengo mucha experiencia en python y no tengo mucho tiempo para aprender cómo enviar consultas, etc. en python en este momento
Ningún problema. Vaya con lo que le resulte más fácil. Al final lo único que importa es hacer tu trabajo.

Además de la respuesta de Dexter, descubrí que el s2D hace exactamente lo que necesito. configurarlo puede ser un poco complicado y ciertamente es más complicado que configurar JPred, pero usarlo es fácil y la salida tiene un formato más agradable.

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