Coordenadas de aminoácidos en una secuencia de proteínas

En formato PDB están disponibles las coordenadas de cada uno de los átomos. ¿Las coordenadas de los aminoácidos están disponibles por separado? Por ejemplo, una secuencia de proteínas que consta de una cadena de aminoácidos MKL... ¿Dónde obtendría las coordenadas de M, K y L por separado? ¿Existe algún método por el cual se puedan calcular las coordenadas de los aminoácidos? No quiero las coordenadas de los átomos, quiero la coordenada absoluta de cada uno de los aminoácidos en una secuencia de proteínas como un todo...

Depende para qué los quieras. Podría tomar un promedio de todas las coordenadas atomísticas de cada residuo, podría tomar las coordenadas de solo el carbono en CR. No está claro lo que estás pidiendo. ¿Está pidiendo un método sensato, una herramienta disponible, o se pregunta más ampliamente qué constituye el centro de un aminoácido conceptualmente?
Cada átomo está anotado en el archivo PDB en términos de a qué aminoácido pertenece. ¿Es esto lo que le interesa? Podría ser útil si aclarara su pregunta, ya que creo que estamos tratando de adivinar en este momento lo que realmente quiere saber.
@Gerhard ahora está clara la pregunta?
¿Estás diciendo que quieres la estructura 3D de un aminoácido individual? Supongo que sí, ya que ha aceptado la respuesta correspondiente.
¿Cómo es que esta pregunta no está clara? Para mí, está bastante claro que ella quiere el "punto de pivote" u "origen" de cada aminoácido individual en la cadena (probablemente junto con su orientación en el espacio), como si el aminoácido fuera una sola molécula como un todo, no se subdivide en átomos particulares.

Respuestas (2)

Si lo que busca son las coordenadas estructurales de aminoácidos particulares cristalizados individualmente (es decir, considerados como moléculas pequeñas independientemente de cualquier papel en las proteínas), entonces debería encontrarlas junto con otras moléculas pequeñas en la base de datos estructural de Cambridge .

Otra forma de abordar este problema es centrarse en el átomo de carbono medio entre el H2N- de un lado y el -COO del otro lado que forman enlaces peptídicos con aminoácidos adyacentes. Este carbono medio tiene el resto de la molécula de aminoácido unida a él, y definitivamente está en la cadena, por lo que puede usar el centro de ese átomo como el "punto de pivote" para todo el aminoácido; tal vez incluso calcule su orientación en el espacio en relación con la cadena observando los enlaces que conectan este átomo con sus vecinos. Esa sería mi respuesta si la pregunta no estuviera bloqueada ;q

Puede que no tenga mucho sentido considerar un aminoácido como un indicador de la posición del aminoácido completo, ya que los diferentes aminoácidos varían mucho en tamaño. Para aplicaciones no sensibles, como trazar la columna vertebral de la proteína, puede usar el carbono alfa. Si las cadenas laterales son importantes puedes usar lo que se conoce como el último átomo pesado ( ¿Cuál es el último átomo pesado de un aminoácido? ).

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