Ejecuté un producto de PCR de ~300 pb en un gel de agarosa con TAE al 2 % durante 30 minutos. Usé Sybr-safe como tinción de ADN. El voltaje era de 80V.
Cuando tomé la imagen del gel, el ADN en la mitad inferior del gel, incluida la escalera , había desaparecido (no mostraba bandas). El ADN de la mitad superior parecía claro y bien separado, pero faltaban las bandas de la parte inferior.
¿Cuál podría ser la razón? Nunca me he encontrado con esto antes.
Sé que no se debe a un sobrecalentamiento del gel: pasé el gel por la cámara frigorífica y, cuando terminó, estaba frío al tacto.
Si usa la tinción previa, la mancha también migra en el campo eléctrico y esto puede provocar que algunas partes del gel no se tiñan. Esto se parecería bastante a lo que describe, la escalera es invisible y también apunta fuertemente a que esa parte del gel simplemente no está teñida correctamente.
Suena un poco improbable con sus parámetros de ejecución, solo lo he visto con un gel de ejecución muy prolongada, pero tampoco he usado la tinción previa desde hace bastante tiempo. El bromuro de etidio tiene carga positiva y migra en la dirección opuesta al ADN, aunque no tengo experiencia con Sybr-Safe y no sé si se comporta igual que EtBr en este sentido.
usuario4325