Gel de agarosa Frotis de escalera

Estamos teniendo problemas con la electroforesis en gel de agarosa. Solía ​​funcionar hace un par de meses, pero ahora la escalera siempre se ve manchada. Cambiamos los componentes (1x TBE, escalera de 100bp, diferente tipo de agarosa y voltaje) y equipo. También probamos agarosa al 1,2%, 1%, 1,5% y 2%.

Agradecería si alguien nos puede ayudar.

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¿Era nueva la escalera alternativa, la agarosa? Si todos sus componentes son viejos o se almacenaron o manejaron incorrectamente y, por lo tanto, se degradaron, se mancharán.

Respuestas (2)

¿Está seguro de que su TBE está en la dilución correcta? ¿Y que estás usando TBE para hacer el gel y también como amortiguador para correr? Ese tipo de línea ondulada se parece a lo que podría obtener si hubiera hecho el gel con agua en lugar de una solución amortiguadora, o lo hubiera ejecutado con agua en lugar de una solución amortiguadora. También puede intentar usar TAE para hacer/ejecutar el gel como control de cordura.

Secundo la posibilidad de geles fundidos con agua en lugar de tampón TBE. Es un error clásico que muchas personas cometen la primera vez en el laboratorio. Otro clásico sería hacer geles a partir de un stock de 10x TBE y usar 1x TBE para la ejecución.

Intente aumentar aún más la concentración de agarosa, ya que parece que tiene una separación decente de las bandas pequeñas y una separación deficiente de las bandas grandes. Pruebe también un nuevo lote de agarosa.

Yo sugeriría probar 2-4% en pasos de 0.5%

Si está ejecutando fragmentos de 100 pb o más pequeños, debe estar en el rango de 4% de agarosa.

Aquí hay un buen ejemplo de rangos de agarosa y diferencia mínima de productos de PCR que se pueden resolver. https://www.qiagen.com/mx/resources/faq?id=1b23a0b3-32b4-4c1b-bd84-49b4b6a58311&lang=es

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