Un Alarmone es una molécula de señal intracelular que se produce debido a factores ambientales severos. Regulan la expresión génica a nivel de transcripción. Un riboswitch es un segmento regulador de una molécula de ARN mensajero que se une a una molécula pequeña, lo que resulta en un cambio en la producción de las proteínas codificadas por el ARNm, funciona como una forma de detectar cambios ambientales.
He estado leyendo algunos artículos ("ZTP 5-Amino 4-lmidazole Carboxamide Riboside S-Trifosfato): A Proposed Alarmone for 1O-Formyl-Tetrahydrofolate Deficiency", Bochner 1982; "An Ancient Riboswitch Class in Bacteria Regulates Purine Biolysis and One-Carbon Metabolism" Kim 2015) que estudia cómo el ZTP puede provocar cambios en la deficiencia de 10f-THF. Bochner (1982) a través de varios experimentos propone ZTP como una alarma para 10f-THF; algunas suposiciones de Bochner podrían no haber sido del todo correctas y un artículo posterior no logra replicar algunos experimentos. Posteriormente, Kim (2015) propone ZTP como riboswitch.
No soy completamente consciente de las diferencias entre el concepto de "alarmone" y "riboswitch". Me parece que tanto Bochner como Kim proponen virtualmente la misma tesis.
Es la primera vez que escucho la palabra alarmone, así que tengan paciencia conmigo, ¿de acuerdo?
"Un Alarmone es una molécula de señal intracelular que se produce debido a factores ambientales severos. Regulan la expresión génica a nivel de transcripción" <- esto probablemente se refiere a la activación/inhibición de factores de transcripción y cosas por el estilo. Mirando un poco más en el artículo de wikipedia desde donde copió la descripción, vemos que ppGpp se considera una alarma.
De acuerdo con el artículo de wikipedia sobre ppGpp ( https://en.wikipedia.org/wiki/Guanosine_pentafosfato ), vemos, por ejemplo, esta línea "Cuando (p) ppGpp se asocia con el promotor, afecta la capacidad de la enzima ARN polimerasa para unirse e iniciar la transcripción". , por lo que esta alarmona puede actuar inhibiendo la capacidad de la ARN polimerasa para unirse al promotor.
Un riboswitch, por otro lado, es un elemento estructural DENTRO de una molécula de ARN que provoca un cambio conformacional al unirse a un ligando. Este cambio conformacional luego tiene un efecto en la transcripción o traducción, etc. Por lo tanto, una alarmona probablemente podría unirse a un riboconmutador para ejercer su efecto, pero un riboconmutador es algo bastante específico. Puede leer sobre algunos de los mecanismos en el artículo de wikipedia https://en.wikipedia.org/wiki/Riboswitch
Básicamente, piense en las alarmonas como moléculas de señalización y los ribointerruptores como elementos estructurales en las transcripciones que regulan la expresión génica al unirse al ligando.
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