Eliminación de ARN largo no codificante (lncRNA): ¿cómo se hace?

La eliminación de lncRNA en mamíferos no se realiza a través de RNAi. En cambio, uno transfiere oligos de ADN antisentido que se unen al ARN. Esto desencadena la acción de la enzima RNasa H , que degrada los dúplex de ARN-ADN. Degrada el lncRNA.

ACTUALIZACIÓN: Como referencia, aprendí sobre esto en un seminario, y no está muy bien documentado, pero después de una búsqueda bibliográfica encontré este documento para citar :

Aunque nosotros (Fig. 3A) y otros (42, 49) hemos usado siRNA para eliminar NEAT1 lncRNA y aunque la eliminación de ARN estrictamente nucleares ha sido bien descrita (53, 54), seguimos preocupados porque NEAT1 es principalmente un nuclear. ARN (55), puede que no sea un objetivo muy eficaz de la maquinaria de ARNi. Los ARN nucleares, sin embargo, se dirigen de manera competente utilizando oligodesoxinucleótidos complementarios antisentido (AS) que reclutan la actividad de la ARNasa H nuclear para degradar el ARN (56). Por lo tanto, también empleamos oligodesoxinucleótidos AS complementarios para eliminar NEAT1 lncRNA en células Jurkat infectadas con VIH-1 NL4-3 (Fig. 4C, izquierda). El enfoque AS redujo NEAT1 (Fig. 4C, izquierda) y aumentó la producción de p24 de VIH-1 (Fig. 4C, derecha), proporcionando resultados consistentes con los de la eliminación de NEAT1 mediada por siRNA (Fig. 4A y B).

El RNAi nuclear sucede... consulta estos artículos:

http://www.nature.com/nrg/journal/v14/n2/execsumm/nrg3355.html

http://nar.oxfordjournals.org/content/early/2011/11/07/nar.gkr891.full

También hay alguna evidencia de que Ago2 se une a los lncRNA.

Sin embargo, puede emplear otras técnicas para derribar lncRNAs para, por ejemplo, ribozimas.

Esto es controvertido, pero la mayoría de los grupos en el campo han concluido que RNAi no funciona en el núcleo a pesar de la presencia de Ago. Cuando lncRNA ha sido KD con RNAi, generalmente se muestra que están presentes tanto en el núcleo como en el citoplasma, y ​​se cree que la KD ocurre en el citoplasma, no en el núcleo. Por supuesto, como siempre en biología, es posible que el ARNi nuclear ocurra en algunos tipos de células o bajo algunas condiciones especiales. Los oligonucleótidos gapmer que actúan a través de RNAseH suelen ser una forma excelente de KD un lncRNA nuclear, pero agregaría que debe estar preparado para probar, digamos, 6 o más oligos diferentes, ya que la eficacia es impredecible y, en contraste con RNAi, no hay grandes algoritmos generalmente disponibles para el diseño de oligos antisentido.