Nombre de dsRNA (o dsDNA) donde todas las hebras son idénticas

¿Cuál es el nombre de dsRNA (o ADN) donde todas las hebras componentes son idénticas (es decir, donde el complejo consta de múltiples copias del mismo ssRNA)?

Ejemplo: 2 ssRNA idénticos que forman un dsRNA

C C G C G G C G G
| | | | . | | | | 
G G C G G C G C C

Además, ¿hay un nombre diferente según el grado de complementariedad (complementariedad completa de Watson-Crick frente a complementariedad completa con pares de bases que no son de Watson-Crick frente a complementariedad inferior debido a protuberancias, etc.)?

Mis pensamientos

Probablemente no diría "ARN homo n-mer" (para el ejemplo anterior "homo dímero/2-mer") ya que supongo que se referiría a un ssRNA de 2 nucleótidos de largo.

¿Puedes usar los términos dímero, trímero, tetrámero, 5-mero, 6-mero, etc. de múltiples formas? (a) se refiere a la unión de nucleótidos entre sí para formar un polímero/n-mer de nucleótidos, es decir, ácido polirribonucleico, y (b) a la unión de ssRNA o dsRNA completos entre sí para formar un "dímero"?

Probablemente tampoco se referiría a él como un "homo dúplex", ya que se refiere a algo relacionado con el cruce cromosómico .

¡Bienvenido a Biología.SE! Algunos comentarios a sus preguntas: 1) dsRNA es muy raro, afaik solo ocurre casi exclusivamente en algunos genomas virales; a menos que incluya el emparejamiento de bases propio en elementos estructurales 2) Siempre que haya un emparejamiento de bases completo, algo como esto sería una secuencia palindrómica , sin embargo, ese término también se usa para elementos cortos dentro de una cadena larga de ADN, y no implica necesariamente que molécula de ADN real es de doble cadena.

Respuestas (2)

Dicha secuencia de ácido nucleico se describe como palíndromo o palindrómico .

Wikipedia tiene una entrada para secuencia palindrómica en la que se define como:

Una secuencia palindrómica es una secuencia de ácido nucleico en ADN o ARN de doble cadena en la que la lectura de 5' (cinco primos) a 3' (tres primos) hacia delante en una hebra coincide con la secuencia que lee de 5' a 3' en la hebra complementaria con la que forma una doble hélice. Esta definición de palíndromo depende, por lo tanto, de que las hebras complementarias sean palindrómicas entre sí.

Cabe señalar que esta es una descripción (en lugar de un nombre ) que generalmente se aplica a segmentos de moléculas de ácido nucleico más grandes oa construcciones sintéticas. No tengo conocimiento de un nombre genérico para dsRNA corto (o dsDNA) como el de la pregunta, ya que, según mi conocimiento, no se encuentran en la naturaleza y, por lo tanto, no ha habido razón para idear un nombre para ellos. Por lo tanto, tampoco hay nombres para las variantes. Si desea escribir un artículo sobre tales cosas, deberá inventar sus propios términos, pero manténgase alejado de los '-mers' (consulte el uso de, por ejemplo, tetramer ).

La secuencia presentada en la pregunta no se ajusta a la definición de Wikipedia anterior, ya que tiene un desajuste central y, por lo tanto, no es una doble hélice perfecta. Sin embargo, dado que el uso del término palíndromo para ácidos nucleicos es una extensión un tanto arrogante del uso general de la palabra inglesa palíndromo (un ejemplo de lo cual es "ABLE WAS I ERE I SAW ELBA"), consideraría una modificación menor adicional de la definición del autor de Wikipedia como intachable.

Tenga en cuenta que la secuencia palindrómica biológica no coincide del todo con el significado general de palíndromo . La secuencia de ADN es complementaria a su reverso, mientras que el palíndromo normal es el mismo que su reverso.
@mgkrebbs — Sí. Pero me di cuenta de eso, ¿no? Escribí "el uso del término palíndromo para ácidos nucleicos es una extensión del significado general de la palabra inglesa palíndromo" y di una referencia y un ejemplo del significado general de la palabra, que se puede comparar con el ejemplo en la pregunta para NA y la referencia que proporcioné para eso. Sin embargo, vale la pena enfatizar a aquellos que no están familiarizados con el inglés napoleónico.
No estoy de acuerdo con que la secuencia palindrómica sea una extensión del significado normal de la palabra palindrómico porque (en general) viola el significado central de palíndromo, que su reverso es el mismo . Dado que descarta por completo el significado central y está en conflicto con el significado normal, no es una extensión sino un significado alternativo. (Los palíndromos, por supuesto, no tienen un significado biológico conocido, a diferencia de las secuencias palindrómicas).
@mgkrebbs: desde un punto de vista lingüístico, el "uso" de la palabra ciertamente se ha "ampliado", de una sola cadena de caracteres a dos cadenas con propiedades especiales en dos dimensiones. Solo si el extremo 3' de la primera cuerda se une al extremo 5' de la segunda cuerda tienes un palíndromo en el sentido original. He intentado una modificación propia con este espíritu, pero sugiero alternativas.

La secuencia específica que ha publicado no es estrictamente un palíndromo, ya que el complemento inverso del hilo superior no es el mismo que el hilo inferior. Aunque no hay un organismo central que haga estas definiciones, un término mejor, en mi opinión, sería repetición invertida , del cual los palíndromos son un subconjunto (repeticiones invertidas sin secuencia intermedia). Por supuesto, la última palabra sería su uso predominante en la literatura (de la cual no estoy demasiado familiarizado).

Además, la secuencia específica que ha mostrado forma un bucle interno , aunque no es necesario que los bucles internos se formen a partir de repeticiones invertidas.

Sí. Esa es otra forma de verlo.
…aunque la descripción "repetición invertida con secuencia intermedia" no captura el desajuste de bases idénticas en la secuencia intermedia, lo que en realidad hace el palíndromo.
Nombre de dsRNA (o dsDNA) donde todas las hebras son idénticas
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