Comparación de estructura secundaria de ARN

¿Conoces algún programa que pueda comparar dos o más estructuras secundarias de ARN diferentes? Necesito encontrar algunas (des) similitudes entre muchas estructuras secundarias predichas. Y crear tal vez sec común. estructura/forma.

Respuestas (2)

Puede usar R-coffee del conjunto de herramientas T-coffee. En general, las *herramientas de café son excelentes y funcionan muy bien si puedes superar la obsesión de autor 1 . R-coffee puede alinear secuencias de ARN teniendo en cuenta la información estructural:

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1 ¡El tipo en realidad agrega su nombre a la salida de todos sus programas! En serio, lo hace. Además de ser simplemente ridículo, esto también afecta a otros programas a los que quizás desee canalizar sus datos. Por ejemplo, quería canalizar las alineaciones de t-coffee a un visor de alineaciones y tuve que analizar su maldito nombre para poder hacerlo.

Me divirtió su comentario, pero por lo que puedo ver, solo tendría que eliminar la segunda línea de texto.
@Superbest sí, ¿no es eso suficiente? La salida predeterminada de t-coffee está en formato clustal, un formato estándar y ampliamente utilizado para alineaciones. Debido a la autoimportancia del autor, tuve que editar el resultado para eliminar su nombre antes de poder ver la alineación en otro programa. Solo porque al tipo le gusta ver su nombre escrito en todas partes.

hay varias herramientas en el paquete de Viena (RNAalifold, RNALalifold): http://www.tbi.univie.ac.at/~ronny/RNA/index.html algunas otras herramientas están disponibles en Freiburg Univ. como: LocARNA o CARNA ( http://rna.informatik.uni-freiburg.de/CARNA/Input.jsp )

Comparación de estructura secundaria de ARN
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