Generalmente, en la predicción de miARN, la mayoría de los investigadores hacen una búsqueda explosiva con un conjunto de miARN descargados de miRBase con los parámetros que requieren. Más tarde, generalmente se utilizan métodos personalizados para obtener un área alrededor del área de coincidencia para la predicción de la estructura.
En un artículo , descubrí que ~70 nt flanqueantes del área de coincidencia se tomaron como pre-miARN para el análisis estructural, mientras que en este artículo se tomaron ~100 nt flanqueantes del área de coincidencia para la predicción de la estructura del pre-miARN. ¿Alguna idea de por qué?
No existe una regla estricta y rápida sobre cuántos nucleótidos debe seleccionar. Si su miARN es de ~20 nt y toma 70 nt de ambos lados (la longitud promedio de las horquillas es de ~84 nt en humanos), su longitud total será de 160 nt. El punto de tomar es que no sabes si tu lectura es -3p o -5p. Así que toma 70 nt de ambos lados.
La longitud máxima de una horquilla de miARN humano es de 180 nt para mir-3648 (90 nt por media horquilla). En tales casos, puede tomar más residuos laterales. Pero estos casos son raros.