estructura 3D.

Use el PDB para identificar estructuras que sean similares a la que ha encontrado (puede usar BLAST para buscar en el PDB). Una coincidencia del 30 % o superior suele ser aceptable y, por supuesto, las alineaciones múltiples son útiles en puntuaciones de coincidencia más bajas. Si existen estructuras que son lo suficientemente similares, puede usar el modelado de homología para generar una estructura 3D (esto es lo que hace el servidor SWISS-MODEL, y creo que automatiza las alineaciones BLAST de PDB). Si no hay estructuras similares, puede recurrir al modelado ab initio si tiene un dominio globular razonablemente sencillo; de lo contrario, es posible que necesite obtener experiencia adicional.

Hay tantos factores específicos que deben tenerse en cuenta para un proyecto como este. Dependiendo de para qué se utilizará el modelo, diferentes preguntas son relevantes.

Estructura secundaria.

Necesitará algunos predictores de estructura secundaria diferentes para que sea convincente y luego deberá verificar que su consenso secundario coincida con su estructura 3D. Si no coinciden, debe pensar en "¿por qué no?"

Si hay una diferencia, generalmente indica que alguna interacción 3D está involucrada en el plegado, por lo que su modelo 3D generalmente supera las predicciones de estructura de secuencia, pero verifique su estructura 3D con las predicciones de estructura secundaria.

La predicción de estructura secundaria es más útil cuando una estructura 3D no está disponible y el modelado no es una opción.

El modelo suizo es una herramienta en línea para modelar la estructura terciaria y cuaternaria de proteínas utilizando información evolutiva. J-pred y el modelo suizo son herramientas bastante sencillas que solo requieren la secuencia. El modelo suizo requiere buscar una plantilla y en base a la cual se modelará más la proteína. J = pred se usa exclusivamente para la predicción de la estructura secundaria.