Interpretación del resultado de la predicción mFOLD

Estoy tratando de predecir la estructura secundaria de ciertos pre-miRNA predichos a través de mFOLD, que es la técnica generalmente aceptada para la predicción de estructuras en la mayoría de los estudios. Me resulta difícil interpretar el resultado y aceptar si el pre-miARN que he elegido y el miARN que tengo pueden aceptarse e incluirse en mi resultado.

Esta es una estructura de pre-miARN predicha con la posición de miARN predicha que se muestra en verde.ingrese la descripción de la imagen aquí

¿Es esta una estructura buena/mala? De ser así, ¿alguien puede darme una razón? Gracias.

editar: entiendo que los niveles de energía también son algo que se busca en la predicción. En esta cifra en particular, ΔG = -75,00 kcal/mol, lo que creo que está bien.

La secuencia utilizada para doblar es

AAAAATAAAAAACAGAACCATGAGGCAGCGCACCAAGAGCGTCGTGAACGTCCGCGAATA CTTCCGCATGGACGGCAGTGGCGCCCCCGAGCAGGAGGACGACGATGACAACGATGACTG GATGGCCATCGCCATGCAGGGCGCACCGCGTAAGGTCAGCGTGGAAGTCGTTAAGCCTGG CAAGAAGGCACGCGCTCGTACGTCGACGTGTGACTCAC

y el área de coincidencia resaltada es

ACGATGACAACGATGAC

Entonces esta estructura debería estar bien porque la secuencia se encuentra a lo largo de una estructura de bucle.ingrese la descripción de la imagen aquí

Sin embargo, me preocupa ese bulto en la esquina superior izquierda. Eso no afecta la previsibilidad de esta estructura, ¿verdad?

Como lector no especializado, me pregunto cuando dices que mMFOLD es una "técnica" si te refieres a que es un software.
@daniel sí software
¿Puedo saber más sobre la configuración de esta predicción? ¿Temperatura, fuerza iónica, molaridad, etc.? Puede publicar el enlace a los resultados del trabajo en el servidor mfold para que pueda evaluar mejor la probabilidad de esta estructura.
@alec_djinn Ya superé este proyecto, pero generalmente me atengo a los parámetros predeterminados para la predicción. El artículo titulado "Bioinformatic discovery of microRNA precursors from human ESTs and introns" me dio una guía para identificar un precursor viable que sigo actualmente. Pero, por supuesto, sería útil saber cómo se hace la predicción. Me aseguraré de contactarlo la próxima vez que haga una predicción precursora y le daré un enlace. Gracias.

Respuestas (1)

La región verde definitivamente no producirá un miARN: no es parte de un bucle de tallo. Vea las estructuras típicas de miARN de miRbase.

EDITAR

Las protuberancias a veces pueden determinar qué hebra se elige como miARN maduro. Sin embargo, es poco probable que esta región verde forme miARN porque el tallo tiene solo 15 pb.

Por favor, mire la edición de la pregunta.
No sabía si debería hacer esto como una pregunta separada, así que lo estoy publicando como un comentario. En un artículo ( bioinformatics.oxfordjournals.org/content/21/18/3610.abstract ) , descubrí que ~70 nt del área flanqueante coincidente se tomó como pre-miARN mientras estaba en este artículo ( hindawi.com/journals/ijg/ 2012/957607 ) Se tomaron ~100 nt flanqueantes del área de coincidencia para la predicción de la estructura pre-miARN. ¿Alguna idea de por qué?
ni idea... lo mejor es tomar 60-70 nt de cualquier lado (porque aún no sabe si su lectura es -3p o -5p). Le sugiero que use un algoritmo de aprendizaje automático para predecir la estructura de miARN correcta. Coincidentemente, un amigo mío estaba trabajando en un problema similar y me estaba hablando al respecto (por un momento pensé que tú y ella sois las mismas personas :P). Te dejaré saber si hacemos algún progreso.
Lo publicaré como una pregunta para ver si alguien más puede obtener algo de luz sobre el problema.
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