Necesito convertir todas mis secuencias en formato de Estocolmo a esto:
hg19_11_6_Ala ----------------.GG--gggaguggugu....gguuacgaaugUGGCCUCUGC-----AA.............................................................GCAGACA.........................G..CCUGGGUUCAAUU...........................
#=GR hg19_11_6_Ala PP .................22..45677788888....899999999996777899988.....56.............................................................8999999.........................9..*************...........................
En algo como esto:
hg19_11_6_Ala ................((..(((((((((((...)))))))))))))))))))))))....((................................)))))))))......)))).....................
Obviamente, siendo coherente con el formato de estocolmo. ¿Alguna pista?
Si lo que desea es encontrar una estructura de consenso para un grupo de alineaciones en formato de Estocolmo, entonces puede intentar con RNAalifold y para el plegamiento de secuencia única, verifique RNAfold . Ambos tienen servidores en línea y también se pueden ejecutar sin conexión.
Después de obtener la estructura de consenso, actualice el archivo de Estocolmo agregando una línea de consenso de estructura como: #=GC SS_consseguido de la notación de corchetes.
Un buen editor de estructuras de ARN que le hará la vida más fácil es EMACS cuando se complementa con RALEE . Le permite ver y manipular estructuras de ARN, predecir el plegamiento de estructuras y colorear las alineaciones en función de las relaciones de pares de bases. Valdrá la pena invertir tiempo en dominar RALEE.