Esta puede ser una pregunta un poco abrupta/vaga, pero no sabía cómo continuar la búsqueda para obtener la respuesta.
¿Cuáles son las propiedades de una biomolécula 3D que se ignora cuando una biomolécula 3D se convierte a una representación 1D en SMILES (Sistema de entrada de línea de entrada molecular simplificado)? dos propiedades que encontré que se descuidan son los vínculos, las propiedades de interacción. Por propiedades quise decir recuento isomérico, umbral isomérico, etc. ¿Hay más propiedades que se descuiden?
Un modelo 3D de una (bio)molécula representa unas 3 dimensiones físicas. Para una estructura experimental, cada átomo tiene una coordenada 3D (x, y, z) y, si se determina mediante cristalografía, un factor B isotrópico o aniosotrópico adicional (que modela las fluctuaciones del átomo).
Una SONRISA '1D' no es una representación física unidimensional y se puede convertir en un gráfico (matemáticas) que representa la estructura química. La especificación de SMILES PUEDE retener información sobre isómeros estructurales, estereoisómeros (cis/trans; D/L), pero no confórmeros/rotómeros, que, a diferencia de las estructuras químicas más pequeñas, ESTÁ restringida a ciertas regiones favorables para biomoléculas más grandes.
Por "enlace" si se refiere a un enlace químico como un enlace disulfuro, entonces SMILES puede retener dicha información. Por "interacciones", si se refiere a enlaces de hidrógeno, puentes salinos e incluso interacciones hidrofóbicas, etc., entonces SMILES no codifica dicha información, pero tampoco lo hace explícitamente un modelo 3D: están implícitos a partir de las coordenadas 3D para cada átomo. .
Por lo tanto, al convertir de un modelo 3D a SMILES, perdería
Longitud de enlace y ángulo de enlace inusuales: necesariamente se especifican a partir de las coordenadas 3D, pero en SMILES (o el gráfico posterior), se toman como 'ideales'.
Rotómeros: por ejemplo, las proteínas tienen ángulos diedros favorecidos tanto en la columna vertebral como en las cadenas laterales, lo que no se especifica en SMILES.
"Interacciones": cierta interacción intramolecular que es inevitable (p. ej., salicilaldehído) está implícita tanto en SMILES como en un modelo 3D. La mayoría de los demás solo se pueden inferir en el modelo 3D.
Nandor Poka
chica101
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Nandor Poka