Estoy tratando de usar Jpred para predecir la estructura secundaria de una secuencia de proteínas. Cuando ejecuto J-pred, obtengo un montón de resultados de PDB. También he notado que estos 'hits' tienen el mismo nombre que las plantillas que uso cuando uso Swiss mod. ¿Cómo interpreto estos hits? ¿Simplemente los ignoro y obligo a jpred a predecir la estructura de todos modos?
Eso depende de lo que estés tratando de hacer. Aparentemente, su secuencia de consulta es similar a la de las proteínas con una estructura 3D conocida. Como dice en la página de resultados de Jpred (y ayuda ), en este caso podría valer la pena mirar estos homólogos con estructuras determinadas experimentalmente para obtener información sobre la estructura secundaria. Lo más probable es que sea más precisa que la predicción de Jpred.
La cantidad de estructura secundaria que puede usar de la estructura 3D también depende de qué partes se alinean entre su secuencia y las del PDB. Puede mostrar las alineaciones en la página de resultados de Jpred haciendo clic en el botón debajo de 'Alineación de hits de PDB con su secuencia'. Sin embargo, si va con anotaciones de la estructura 3D, probablemente sería mejor usar SWISS-MODEL directamente.
Si no desea ver esos resultados y simplemente forzar una predicción de Jpred, puede marcar 'Omitir la búsqueda de PDB antes de la predicción' en las opciones avanzadas antes de enviar su predicción. Los aciertos se muestran simplemente como una conveniencia, ignorarlos no cambia nada sobre la predicción de Jpred.
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