Cómo realizar una alineación estructural de ADN en pymol

¿Cómo puedo "ajustar" dos estructuras de ADN que tienen diferentes secuencias de nucleótidos en PyMol?

Me gustaría usar la estructura de una proteína de unión al ADN en PDB (1h9t), que está unida al ADN en el archivo PDB, y adaptar un ADN más largo construido en silico con un dardo 3D (haddock.science.uu.nl/ adn/dna.php).

Bienvenido a Bio. Tal vez sería útil un enlace o alguna información básica sobre su experimento.
¡Hola @Claudio y bienvenido a Bio.SE! Espero haberte mostrado cómo alinear el ADN rápidamente en PyMol, pero no estoy seguro de si es necesario para el acoplamiento de Haddock.

Respuestas (1)

Alineación en PyMol

PDB ID 1h9t contiene una estructura de ADN y una proteína. Comienza como un objeto.

Antes de realizar una alineación, necesitamos separar su ADN de la proteína.

  1. Mostrar secuencia (haga clic en la S en la parte inferior derecha).

ingrese la descripción de la imagen aquí

  1. Resalte todos los "residuos" de las cadenas X e Y (estas cadenas contienen cada cadena de su ADN) en la barra de secuencia en la parte superior.

  2. Use la GUI para extraer la selección a un nuevo objeto (es un faff hacer esto por terminal que encuentro) .

  3. Cambie el nombre del nuevo objeto (llamado automáticamente obj01 probablemente) a DNA1, o lo que prefiera.

  4. Cargue su nueva pieza de ADN no alineada (usé fetch 1BNA) .

  5. Pymol usa el algoritmo CEalign para alinear estructuras en el espacio 3D. Puedes llamarlo usando el siguiente comando:

    cealign DNA1, 1BNA, object=aln

Producción:

ingrese la descripción de la imagen aquíOtro software de alineación 3D que me gusta mucho es el servidor Dali .

Eglefino

A Haddock no le importa si dos moléculas están alineadas antes del análisis, suponiendo que envíe cada ADN por separado junto con una proteína para el análisis de unión. Esto se debe a que trata una gran variedad de orientaciones. Aquí hay una lista de cosas que debe hacer con su pdb antes de enviarlo a HADDOCK

¡Y no te olvides (como hice yo) de colorear correctamente y aplicar el trazado de rayos ( ray) a las figuras antes de colocarlas en un lugar importante!
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