¿Cómo modelar los residuos faltantes en una proteína de múltiples archivos PDB?

Tengo múltiples estructuras de rayos X (archivos PDB) de la misma proteína. A todos ellos les faltan tramos de residuos. Quiero usarlos todos para construir un solo modelo, con la menor cantidad posible de residuos faltantes. ¿Hay alguna herramienta (servidor web, software) disponible para hacer esto?

En una aplicación particular, tengo un requisito adicional. Uno de los archivos PDB es especial (llámelo plantilla), en el sentido de que solo quiero agregarle los residuos que faltan. Es decir, el modelo resultante debe contener el archivo pdb especial y alinearse perfectamente con él, con la única diferencia de que el modelo resultante tiene algunos residuos adicionales que se completaron a partir de la información de los otros archivos pdb. De acuerdo, el modelo resultante no debería alinearse "perfectamente" con la plantilla. Permitiré cierta relajación en los puntos de conexión. Pero aún así, la idea es que la plantilla PDB debería tener un "peso mayor".

Entonces, esos son los dos problemas: 1) ¿Cómo reconstruir un modelo más completo a partir de un montón de archivos PDB de la misma proteína? 2) ¿Cómo completar los residuos que faltan en un archivo PDB usando información de otros archivos PDB de la misma proteína?