Software simple de gráficos de proteínas para modelos de barras

^{Esta es una respuesta simplemente porque no puedo incluirlo todo en un comentario, o varios ...}

Para instalar y ejecutar PyMOL, necesitará algunos extras. Todos son gratuitos y de código abierto:

• Python 2.7.10 : asegúrese de elegir instalar pipdurante el proceso de configuración, y también elija agregar Python a su RUTA, si se le da esa opción. Además, tenga en cuenta si instaló la versión de 32 bits (instalador MSI x86) o la de 64 bits (x86_64). El que elija depende de su sistema operativo: si tiene un sistema operativo de 32 bits, solo tiene una opción. Si tiene Windows de 64 bits, puede hacer cualquiera de los dos: no hay una diferencia real para el usuario ocasional. Me gusta 64 bits, pero soy un nerd :)

• El numpy+mklpaquete: obtendría la versión 1.9.2, ya que 1.10.0b1 es una versión beta. ¡Asegúrate de que no sea una de las compilaciones "no optimizadas"! Desea el cp27paquete (significa CPython 2.7), ya sea de 32 o 64 bits, que coincida con su elección anterior.

• Desde la misma página, el PMWpaquete (elegir la py2versión).

• Finalmente, PyMOLen sí mismo (ambos pymoly pymol_launcherpaquetes para cp27).

Una vez que haya descargado todo e instalado Python, abra el símbolo del sistema presionando WinR, escribiendo cmden el cuadro y presionando Enter. Use el cdcomando para cambiar al directorio donde descargó los .whlarchivos (las rutas con espacios deben estar completamente encerradas entre comillas dobles: cd "C:\Users\John Smith\Downloads"). A continuación, escriba pip -Vpara asegurarse de que pip funcione. Si no es así, simplemente use la ruta completa: C:\Python27\Scripts\pip -V. Una vez que obtenga la declaración de la versión, estará listo para comenzar. Para cada nombre de archivo, escriba pip install really_long_filename.whlpara instalarlo. Recuerda que puedes comenzar escribiendo un nombre largo, luego presionar Tabpara completarlo. Haga esto para las cuatro ruedas - numpy+mkl, pmw, pymoly pymol_launcher- en ese orden .

Una vez que hagas eso, deberías estar listo. No estoy en Windows en este momento, por lo que no puedo decirle si obtendrá un ícono o no, pero si no lo hace, abra el Explorador de Windows y busque el directorio; puede haber una secuencia de comandos PyMOL C:\Python27\Scripts. ahí puedes correr.

Si tiene alguna pregunta, pregunte en Stack Overflow , etiquetando la pregunta con [python]y [pymol]. Las personas generalmente son muy rápidas con los comentarios y/o las respuestas, así que quédese en la página de la pregunta durante 5 o 10 minutos para ayudar a quienes puedan ayudarlo.

¡Buena suerte!

Otra buena alternativa es el visor Swiss-PDB . Es gratis, pequeño, fácil de instalar/usar y está disponible para diferentes sistemas operativos (¡lo había usado en Windows XP con 256 MB de RAM! Algunas características no funcionan bien con poca RAM pero, sin embargo, no consume muchos recursos). Es bueno para el tipo de tareas que le interesan. Pero no está en línea (en realidad, no entiendo por qué necesita un visor "en línea").