Clasificación de polipéptidos (y/o proteínas)

Dado que los polipéptidos son una cadena lineal de veinte aminoácidos, cada uno tiene una abreviatura de una sola letra (por ejemplo, alanina = A). Entonces, ¿se puede representar un polipéptido como solo la secuencia (digamos: ADN para un polipéptido de alanina, ácido aspártico, asparagina)?

Este método de clasificación de polipéptidos conduciría a posibles 8000 (20**3) variaciones solo para polipéptidos de 3 aminoácidos (3200000 para polipéptidos de 5 aminoácidos, etc.) y habría muchas variaciones; y para polipéptidos más largos, es decir, proteínas, habría incluso más variaciones.

¿O solo se nombran los polipéptidos y proteínas importantes, ya que no todas las variaciones de polipéptidos y proteínas se encuentran en el cuerpo? Hubiera pensado que muchas proteínas (y enzimas, etc.) son increíblemente específicas y, por lo tanto, podrían clasificarse de alguna manera metodológica, a diferencia de solo 'lipasa' o 'carbohidrasa' que no proporciona información estructural (aunque tendría un nombre metodológico largo).

Respuestas (1)

Ciertamente puede referirse a péptidos cortos por su secuencia. No conozco límites exactos, pero he visto tripéptidos a los que se hace referencia por sus códigos de tres letras (Ala-Asp-Asn) o incluso por el nombre químico (alanylaspartylasparagine), aunque obviamente eso se vuelve ridículo con bastante rapidez .

Como la proteína más grande conocida, la titina también tiene el nombre IUPAC más largo de una proteína. El nombre químico completo de la forma canónica humana de titina, que comienza con metionilo... y termina con...isoleucina, contiene 189 819 letras y, a veces, se dice que es la palabra más larga en el idioma inglés o en cualquier otro idioma. Sin embargo, los lexicógrafos consideran los nombres genéricos de los compuestos químicos como fórmulas verbales en lugar de palabras en inglés.

Para más de alrededor de 5 aminoácidos, solo la secuencia tiene más sentido. Sería interesante analizar resúmenes de artículos científicos para ver cuántos tienen la secuencia como 'nombre', pero de todos modos.

Cuando lleguemos a las proteínas, sería inútil referirnos a ellas por su secuencia. Por lo general, tienen nombres: las enzimas a menudo se nombran por aquello sobre lo que actúan (como 'alcohol') y cómo actúan sobre ellas (como 'deshidrogenasa'). Además, hay nombres estructurados llamados números EC : la sarcosina deshidrogenasa es 1.5.8.2, por ejemplo.

Como usted señala, hay una gran cantidad de secuencias que no corresponden a las proteínas que se encuentran en un organismo. Nombrar uno de estos es complicado, y si alguien sintetiza uno, entonces tendría que idear algún esquema de nombres para referirse a él.

Sin mencionar que referirse a una proteína completa solo por secuencia comienza a ser redundante porque la estructura primaria se vuelve un poco menos interesante en comparación con la estructura 2/3/4-aria. Si bien un péptido aún es corto (digamos menos de 10 AA), probablemente no tenga mucha estructura, por lo que su secuencia se vuelve responsable de su actividad química principalmente, y referirse a él de esa manera todavía tiene sentido.
Gracias, todo tiene sentido, pero si solo se usan letras individuales para las abreviaturas de aminoácidos, no se nombran polipéptidos de longitud <5 aminoácidos, entonces, ¿cuál es el punto en la abreviatura? Seguramente un polipéptido 'ALRDNNA' tendría propiedades químicas (y/o funciones) similares a las de un polipéptido 'ALRDNL'. Si eso no es lo que clasificaría a las familias de polipéptidos, ¿de qué otra manera?
Creo que es posible que deba aclarar qué quiere decir con 'familia' de polipéptidos. Los únicos polipéptidos a los que generalmente se les asignan nombres más allá de su secuencia son aquellos que demuestran funciones particulares o en los que alguien ha contraído el nombre por conveniencia. Por ejemplo, trabajé con poliglutamina y poliprolina. Eran tramos de 10,20,30,40,50 aminoácidos, pero todos somos prolina o glutamina. No tendría sentido referirse a ellos como PPPPPPPPPPPPPPPPPPP cuando polyP(20) es más fácil.
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