No puedo entender cómo estudiar la cinética enzimática. Digamos que tengo una lipasa y quiero estudiar la cinética de esta lipasa usando un sustrato fluorogénico, ¿cómo lo haría? Por lo que entiendo, usaría una placa de 96 o más pozos y en cada uno aumentaría la cantidad de sustrato o aumentaría la cantidad de enzima y usaría un microscopio de fluorescencia o un espectrofotómetro.
Voy a tratar de presentar algunas definiciones básicas aquí en el lenguaje más sencillo que pueda encontrar.
Es difícil estudiar las enzimas cuando están fuera de la célula, donde pueden comportarse de manera bastante diferente en diferentes contextos. Clasificamos una enzima dada en su clase por kcat , Km y por mecanismo (el tipo de reacción que catalizan).
kcat es una especie de velocidad máxima de la enzima, cuando hay mucho sustrato alrededor, cuál es la tasa de catálisis. Idealmente habrá cero producto presente.
Km es una especie de afinidad inversa de la enzima por su sustrato, pero a la mitad de la velocidad máxima de la reacción.
El mecanismo, que tiene un par de definiciones, básicamente pregunta cuántos sustratos se unen y en qué orden, qué productos se liberan y en qué orden, y cualquier intermediario en la reacción que pueda aparecer, y en qué orden.
por ejemplo: A -> A* -> B* -> BA + B -> C + D
Digo 'más o menos' porque es posible que nunca veas una enzima operar a su máxima velocidad en las células vivas. Los sustratos generalmente tienen una tasa controlada allí: solo tienen suficiente de un compuesto determinado según lo necesiten.
El contexto en el que se utilizan todos estos números y designaciones suele ser taxonómico, es decir, puede categorizar y ordenar, y describir lo que hace la enzima. En la práctica, las grandes diferencias en los números pueden describir qué tan útil es una enzima sobre otra, pero no necesariamente le dice cómo se comportará definitivamente una enzima in vivo o cómo funcionará completamente en una aplicación industrial. Es solo un comienzo.
MattDMo