Estaba interesado en obtener una cepa de levadura sin la enzima farnesiltransferasa (que cataliza la conversión de FPP a escualeno). La base de datos de Euroscraf tiene miles de cepas de levadura con genes individuales eliminados, pero cuando busco "farnesiltransferasa" obtengo un par de resultados que no puedo interpretar.
Aquí está el enlace: http://www.euroscarf.de/search.php?search=farnesyltransferase&project=
¿Qué son todas estas cepas diferentes? En particular, ¿cómo se interpreta una notación como la que parece estar describiendo una cepa particular?
BY4743; MATa/MATα; ura3Δ0/ura3Δ0; leu2Δ0/leu2Δ0; his3Δ1/his3Δ1; met15Δ0/MET15; LYS2/lys2Δ0; YKL019w/YKL019w::kanMX4
Las cepas de levadura tienen dos tipos de apareamiento MATa (ya que secreta una feromona llamada 'factor a'), MATα (secreta feromona 'factor α'). Tanto las cepas MATa como MATα son haploides y cuando se fusionan forman un cigoto diploide. Una levadura haploide tiene solo un conjunto de genes y utiliza sustancias químicas como histidina y triptófano (aminoácidos) y adenina (parte del ADN, ATP y otras moléculas) para crecer. Las cepas de levadura mutantes con cualquiera de los genes para producir estas sustancias químicas no crecerán a menos que puedan obtener estas sustancias químicas de sus alimentos (medios de levadura) o se les permita aparearse con cepas que tengan genes normales.
Interpretando la notación de deformación:
POR4743; MATa/MATa; ura3Δ0/ura3Δ0; leu2Δ0/leu2Δ0; his3Δ1/his3Δ1; Met15Δ0/MET15; LYS2/lys2Δ0; YKL019w/YKL019w::kanMX4
Nombre de la cepa: BY4743 Genotipo: MATa/MATα; ura3Δ0/ura3Δ0; leu2Δ0/leu2Δ0; his3Δ1/his3Δ1; Met15Δ0/MET15; LYS2/lys2Δ0; YKL019w/YKL019w::kanMX4
Para entender claramente, puede diseccionar el genotipo en cepas individuales
BY4743;MATa;ura3Δ0;leu2Δ0;his3Δ1;met15Δ0;LYS2;YKL019w/YKL019w
BY4743;MATα;ura3Δ0;leu2Δ0;his3Δ1;MET15;lys2Δ0;kanMX4
Nomenclatura genética de levadura:
Los genes normales o de tipo salvaje se escriben en mayúsculas: MET15 en MATα
Los genes mutados se simbolizan con letra minúscula y Δ - ura3Δ0
ura3Δ0/ura3Δ0 - mutación alélica: mutación en los mismos genes de ambas cepas (MATa/MATα) - Son dos alelos mutantes en el mismo locus del gen. Ambos alelos del mismo gen están eliminados, por lo que incluso ambas cepas se aparean, necesitan una fuente externa de uracilo en el medio para crecer. El defecto en una cepa NO se complementa con la otra.
Met15Δ0/MET15 & LYS2/lys2Δ0 - Mutación no alélica: el defecto en una cepa se complementa con la otra. MATa tiene Met15Δ0 (mutación en el gen de la metionina) y MATα tiene el gen MET15 de tipo salvaje, capaz de sintetizar met. La complementación funciona aquí.
YKL019w/YKL019w::kanMX4 - Aspecto crítico de la cepa de levadura en ensayos de complementación funcional. En todas las cepas de levadura disponibles comercialmente, un gen será doblemente eliminado (ambos alelos del mismo gen) y reemplazado con marcadores auxotróficos como antibióticos (tetraciclina, kanamicina, ampicilina) para seleccionar las células diploides después de aparear dos cepas. Es similar a sembrar medios LB mixtos de kanamicina para recoger colonias de E.coli que albergan el vector de resistencia a la kanamicina.
El gen que se reemplaza es el gen de interés, es decir, si busco estudiar el papel del PGPS putativo en Plasmodium falciparum, obtengo una cepa de levadura eliminada con PGPS de levadura (pgsΔ). Cuando realizo la prueba de complementación, proporciono una plantilla de ADN externa clonada con PGPS de Plasmodium falciparum para verificar si se complementa en el genoma de la levadura y si la levadura crece: estudio de esencialidad genética.
No estoy seguro del gen YKL019w/YKL019w, pero implica que el tipo salvaje de YKL019 se reemplaza con Kanamycin - kanMX4.
MattDMo
erg9su lugar...gato_curioso
MattDMo