La pregunta inicial era sobre la comprensión de lo que está en la parte inferior de un gen en un organismo eucariota. Entiendo que esta región está ubicada en 3' de un gen y, por lo tanto, esperaría encontrar regiones no codificantes, pero ¿hay alguna diferencia entre las regiones no codificantes y una región intergénica?
Un pequeño antecedente de lo que estoy haciendo: estoy estudiando el efecto de los retrotransposones en las poblaciones de S. cerevisiae, y ya identifiqué los impactos potenciales de estos retrotransposones y estas fueron las consecuencias:
Upstream gene variant 49
Downstream gene variant 42
Intergenic variant 4
Transcript ablation 3
Coding sequence variant 1
Feature elongation 1
3' UTR variant 1
Entonces, ¿es inteligente decir que aguas abajo de un gen hay genes no codificantes?
"Intergénico" es, bueno, una vergüenza, aunque puede ser difícil de evitar. Intergénico significa, literalmente, entre genes . Los genes, como cabría esperar, se definen genéticamente como regiones del cromosoma con algún papel genético. Entre genes tenemos, bueno, basura, spam, sin sentido ni trascendencia, ya que de lo contrario sería un gen. En la década de 1990, todo el mundo sabía que la mayor parte del genoma era "ADN basura" y era bastante sencillo. Y el dogma central era que el ADN hace que el ARNm produzca proteína y si no había proteína que hiciera ARNm, o incluso ninguna proteína larga , entonces asumían que no había ningún gen.
Bueno, el problema con el uso de estos términos hoy en día es, en primer lugar, que es muy difícil demostrar que una determinada pieza de ADN nunca tiene un papel. Después de todo, a menudo se puede eliminar un gen completo sin un efecto visible en un organismo, entonces, ¿cómo se puede demostrar de manera concluyente que una secuencia no codificante "entre genes" no tiene sentido ni relevancia para ninguno de sus vecinos? Y en segundo lugar, el ADN definitivamente tiene un papel, incluso si todo lo que hace es producir ARN no codificante o actuar como una secuencia reguladora que lo hace. Entonces, por ejemplo, en OMIM puede buscar muchos registros para "intergénico" , con resultados como H19 , para el cual un término es "ARN NO CODIFICADOR INTERGÉNICO LARGO H19". Tenga en cuenta que H19 también figura como el símbolo del gen aprobado por HGNC, por lo que es un gen intergénico. Difícil, ¿eh? (Tengo un gran respeto por OMIM, esto no es su culpa) Además, los potenciadores pueden estar bastante lejos de un gen, incluso más allá del final de otro gen o afectando a múltiples genes, por lo que aunque una mutación en el potenciador podría genéticamente actuar como un alelo de un gen específico, podría describirse en términos de secuencia como ubicado en una región intergénica .
En pocas palabras: las regiones intergénicas sobre las que estás leyendo van a estar entre cosas que se reconocen como genes, y se puede o no saber que tienen algún efecto sobre uno u otro (o ambos...). No contendrán CDS, que siempre se considera un gen, ni 5'UTR o 3'UTR porque se transcriben antes o después de un CDS. Más allá de eso, cómo se distinguen de la "secuencia ascendente" y la "secuencia descendente", eso podría ser completamente arbitrario. Es posible que hayan ido a WormBase y hayan extraído registros genéticos seleccionados y hayan agregado una cantidad de pares de bases antes del sitio de inicio como promotor, pero eso no lo sé. Solo tendrá que intentar encontrar la referencia particular para cualquier herramienta que esté utilizando.
Una región intergénica es solo uno de los muchos tipos de secuencias no codificantes.
Otros incluyen:
Hay muchas cosas que forman parte de los genes además de la secuencia de codificación de la proteína.
Una buena manera de hacerse una idea del tipo de cosas que hay además de las regiones de codificación es explorar la ontología de secuencias . Si navega hasta la secuencia de codificación y comienza a buscar términos primarios y primos, encontrará una gran cantidad que incluye todas las cosas que mencioné anteriormente, así como la región intergénica , con definiciones asociadas con el oído.
roger vadim
Silvia V. C.