¿Cuál es la función de distribución/densidad de probabilidad ( PDF ) de los impactos en la aptitud de las nuevas mutaciones?
Doy la bienvenida a cualquier respuesta parcial que no brinde el PDF completo, sino solo alguna información sobre el valor esperado o la varianza de esta distribución. Información del tipo: "Si consideramos solo mutaciones beneficiosas, entonces el PDF es " también son bienvenidos.
Cuando digo mutaciones, uno podría querer reducir el concepto de mutaciones solo a indeles y mutaciones puntuales.
Por supuesto, la respuesta dependerá de la especie en cuestión y de una población a otra, pero agradezco cualquier respuesta que pueda brindar algunas ideas. Eventualmente, podría ser útil cierta información de acuerdo con lo que generalmente se supone que es la PDF de los efectos sobre la aptitud de las nuevas mutaciones.
Aquí hay una pregunta relacionada
Aquí hay un artículo que asume una distribución exponencial de efectos sobre la aptitud de las mutaciones beneficiosas.
A una buena primera aproximación . Dónde es el cambio medio en la aptitud hasta cualquier punto o mutación indel. Las razones de esto son las siguientes:
Entonces, la distribución, sea lo que sea, tendrá un gran pico en 0. Probablemente este pico sea varios órdenes de magnitud más alto que el siguiente valor más alto. Además, podemos estar razonablemente seguros de que ya que hay más formas posibles de romper un gen a través de una mutación puntual o indel que mejorarlo. Si este es el caso, de modo que hay un gran exceso de mutaciones con un efecto negativo en la aptitud, podemos concluir que la distribución de los cambios mutacionales en la aptitud no será normal (sesgo negativo y pico en cero), y que la la distribución normal será una mala aproximación.
[Esto es puramente especulativo]
Suposiciones:
Probabilidad de una mutación en la posición
dónde es el genoma con sus anotaciones.
Probabilidad de que la actividad de alguna proteína cambie X veces dada la mutación en posición(es) en el genoma:
suma sobre todos los genes que ocupan ese locus.
Probabilidad de que ante una presión de selección dada y cambio de actividad proteica , el individuo sobrevive a la selección.
No soy un experto en modelado bayesiano. Pero supongo que esta es una forma de obtener el PDF. Cada paso debe expandirse y combinarse para obtener una ecuación para PDF.
No estoy seguro si esto es de alguna ayuda en absoluto.
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Remi.b
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