Desequilibrio de ligamiento con múltiples alelos y loci

Desequilibrio de ligamiento ( D ) para dos loci bialélicos se define como:

D = X 11 X 22 − X 12 X 21

dónde X 11 ,   X 12 ,   X 21 ,   X 22 son las frecuencias de los haplotipos A 1 B 1 , A 1 B 2 , A 2 B 1 , A 2 B 2 respectivamente (el número de subíndice corresponde a los dos alelos diferentes y A y B corresponden a los dos loci diferentes)

mis preguntas son

  • Como es D definido para más loci y un mayor número de alelos?

  • Como es D definido cuando el número de alelos difiere de locus a locus?

Déjame saber si mi respuesta tiene sentido para ti.

Respuestas (2)

LD describe las asociaciones entre alelos en diferentes loci. Para algo más que dos loci bialélicos, necesita más de un número para describir completamente las asociaciones. Por ejemplo, si tenemos tres loci bialélicos 1-3, necesitamos los tres coeficientes LD por pares, más un coeficiente adicional de tres vías. En general, si tenemos k lugares, y el k el locus tiene norte k alelos, hay ∏ k norte k posibles haplotipos, por lo que para describir completamente el estado de la población necesitamos ∏ k norte k − 1 frecuencias de haplotipos. Si, en cambio, queremos usar frecuencias alélicas y asociaciones, necesitaremos

∏ k norte k − 1 − ∑ k ( norte k − 1 ) = ∏ k norte k − ∑ k norte k + k − 1
Coeficientes LD. (Tenga en cuenta que cada locus está descrito por norte k − 1 frecuencias alélicas.) ¡Esto significa que las cosas se complican bastante rápido con muchos loci! Si desea profundizar en los detalles, consulte Barton y Turelli (1991) y Kirkpatrick, Johnson y Barton (2002) .

Siendo un biólogo molecular típico, me siento un poco incómodo con los términos de genética clásica. Podría redefinir algunos símbolos (quizás para significar lo mismo) [ Es como hablar con uno mismo mientras se piensa ].

Hay cuatro bloques de ADN: A 1 , B 1 , A 2 y B 2 . A k y B k son bloques adyacentes. [ Quizás esto es lo mismo que usted definió como símbolos ]. A y B son regiones de ADN contiguas, mientras que 1 y 2 son cromosomas diferentes (regiones homólogas). Vea la figura a continuación.

                                    ingrese la descripción de la imagen aquí

La formula:

D=X 11 X 22 - X 12 X 21

básicamente significa que la diferencia entre la probabilidad de que los loci estén en configuration I( 11 & 22) o configuration II (swapped)( 12 & 21). Digamos que hay una tercera región (3) que es homóloga a los dos alelos que tiene bloques de ADN A 3 y B 3 .

Tal como se define LD, es una diferencia de probabilidades. Dependiendo de cómo lo definas, tomará un valor negativo o positivo. Cuando tiene 3 alelos recombinantemente factibles , puede haber seis casos:

  1. C 1 : [A 1 B 1 ] [A 2 B 2 ] [A 3 B 3 ]
  2. C 2 : [A 1 B 1 ] [A 2 B 3 ] [A 3 B 2 ]
  3. C 3 : [A 1 B 3 ] [A 2 B 2 ] [A 3 B 1 ]
  4. C 4 : [A 1 B 2 ] [A 2 B 1 ] [A 3 B 3 ]
  5. C 5 : [A 1 B 2 ] [A 2 B 3 ] [A 3 B 1 ]
  6. C 6 : [A 1 B 3 ] [A 2 B 1 ] [A 3 B 2 ]

En este caso no existe una medida única para la diferencia . También puedes hacer algo como esto:

LD 1' = P(C 1 ) + P(C 2 ) - (P(C 3 ) + P(C 4 ) + P(C 5 ) + P(C 6 ))

Donde LD 1' es LD de la región 1 y P(C m ) es la frecuencia de la m -ésima configuración.

Ahora, si hay 3 o más bloques de ADN adyacentes, solo puede definir LD, por pares. Sin embargo, tiene sentido porque el vínculo se reduce con la distancia y puede calcular LD AC = LD AB x LD BC
( A, B y C son contiguos en orden alfabético. Si A y B no están vinculados, entonces A y C no pueden vincularse) .

Desequilibrio de ligamiento con múltiples alelos y loci
RespuestasAquíPolítica de privacidad1y, 0v