Soy un becario posdoctoral por tercera vez con algo de experiencia en biología molecular y bioquímica, pero con grandes habilidades en zoología e historia natural. Estoy estudiando algunos extractos naturales y compuestos aislantes.
Algunas muestras biológicas vienen en cantidades limitadas (p. ej., hemolinfa de invertebrados), lo que dificulta los métodos analíticos que dependen de cantidades mayores. Por ejemplo, establecer espectros UV-Vis de extractos es un método no destructivo habitual para acercarse a muestras desconocidas y estimar parámetros generales, realizado con un espectrofotómetro.
El sistema de espectrofotómetro a escala de microvolumen conocido popularmente como 'Nanodrop' ha estado en los laboratorios desde hace casi dos décadas. Su uso se ha limitado generalmente a estimaciones rápidas de pureza y concentración de ADN y ARN en laboratorios de biología molecular.
Estoy considerando usar el nanodrop para estimar parámetros de otras muestras biológicas y químicas. El manual dice que los solventes más utilizados son compatibles con el sistema. Sin embargo, todavía no he encontrado a nadie más que haya intentado usar Nanodrop para diferentes aplicaciones.
Por favor, ¿alguien aquí que haya experimentado usando un sistema Nanodrop con otras muestras y extractos biológicos podría comentar sobre la experiencia?
El Nanodrop es un espectrofotómetro UV-visible genérico. Según el fabricante, el último modelo puede medir la absorbancia de 190 a 850 nm . Su rango dinámico también es muy bueno: desde alrededor de 0,1 hasta alrededor de 60 en absorbancia. Por lo tanto, siempre que no use un solvente incompatible, puede medir cualquier cosa que absorba en este rango de longitud de onda . Lo uso muy a menudo para proteínas purificadas. También funciona bien para suspensiones turbias (como cultivos bacterianos; la lectura de la densidad óptica a 600 nm da una idea de la turbidez).
Es fácil de usar y, por supuesto, el requisito de bajo volumen es una gran ventaja. Un inconveniente es que no le permitirá ajustar ciertos parámetros como lo permitiría un espectrofotómetro "real" (ancho de banda, ganancia, etc.). Pero definitivamente puede obtener espectros decentes para la caracterización de mezclas y la estimación de concentración de muestras puras.
Utilicé el Nanodrop para la medición de la absorbancia a 600 nm de cultivos bacterianos, así como de preparaciones de ácidos nucleicos. Sin embargo, cambié a usar otro espectrofotómetro (Espectrofotómetro, Ultrospec 2100 pro, Espectrofotómetro UV/Visible, Amersham Biosciences) para mis cultivos bacterianos porque confío más en él debido a que usa una cubeta que contiene 1 ml de bacterias en lugar de solo 1 microlitro de cultivo.
Después de completar mis pruebas, he decidido regresar para responder mi propia pregunta.
Una máquina Nanodrop ha cumplido mi propósito de manera bastante eficiente, por lo que puedo juzgar. Lo he usado para evaluar el grado de pureza de un extracto de alcaloide natural de insectos, usando análogos de alcaloides sintéticos como controles. Consulte nuestro artículo publicado sobre el método aquí , junto con los datos sin procesar .
No hemos notado alteraciones ni contaminaciones cruzadas en las muestras de ADN/ARN de los colegas que se ejecutan en paralelo, destacando el hecho de que limpié adecuadamente el equipo entre usos.
Por lo tanto, sí: recomiendo usar Nanodrop como un método económico y rápido para escanear muestras biológicas, siempre que los productos químicos y los solventes utilizados en la limpieza del pedestal sean compatibles con el manual.
¡Espero que esta discusión ayude a otros a atreverse!
Científico
Guillaume