¿Cuál es la importancia de la urea en la espectrometría de masas? Usamos urea 8M para FASP nuestras proteínas antes de la espectrometría de masas. ¿Cuál es la importancia de usar urea 8M? y ¿cómo afecta a las proteínas?
Creo que el OP estaba preguntando sobre la relevancia del uso de urea con respecto al método FASP. En el método FASP, el desnaturalizante primario es SDS. Las proteínas se desnaturalizan con una solución de SDS ~4% (tamponada a pH 7,5 - 8,0). Luego se usa una solución de urea 8 M para reemplazar el SDS. La urea tiene dos propósitos aquí, primero mantiene la proteína desnaturalizada y en soluciones a medida que se reemplaza/lava el SDS. En segundo lugar, debido a que la urea es un agente caotrópico, reduce el tamaño de las micelas SDS que, de lo contrario, bloquearían los poros del filtro de membrana.
Lea el artículo original aquí: http://www.nature.com/nmeth/journal/v6/n5/abs/nmeth.1322.html
La urea 8M es un desnaturalizante, como mencionó @Chris. La desnaturalización de proteínas es importante para la espectrometría de masas molecular (también conocida como clásica). Si analizara una proteína no desnaturalizada, obtendría información no solo sobre la estructura primaria, sino también sobre la interacción no covalente (2+°):
El enfoque clásico de MS, denominado "MS molecular", analiza, en la fase gaseosa del espectrómetro de masas, especies individuales inicialmente presentes en solución después de la destrucción de la estructura no covalente. Por otro lado, la "MS supramolecular" o "MS no desnaturalizante" tiene como objetivo transferir complejos no covalentes intactos que preexisten en solución a la fase gaseosa del instrumento.
( Sanglier et al. 2008 , Métodos Mol. Biol.)
La desnaturalización de proteínas es importante para la espectrometría de masas molecular/clásica porque garantiza que su análisis solo refleje los enlaces covalentes (estructura primaria) presentes en su proteína objetivo.
cris
canadiense